imagejだとこんな感じです。
1)きれいな画像を撮る。
2)画像を16bit-gray(8bit-grayかもしれない)に変換する。
3)process>subtract-backgroundで画像のバックグラウンドを削る。radiusを適当に大きくする必要があるだろう。
4)image>adjust>thresholdで二値化する。backgroundを黒に指定するかもしれない。
5)binary>watershedで接触しているコロニーを分割する。
6)analyse>analyse_particleでカウントする。いろいろ条件を調整する必要があるかもしれない。サイズを0からでなく、最小サイズを指定すると、点々のようなコロニーもどきを排除できると思う。 |
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