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大腸菌コロニー数測定ソフト トピック削除
No.11380-TOPIC - 2023/04/19 (水) 15:39:40 - E.coli
大腸菌のコロニー数を画像から自動で測定してくれる良い方法あるいはソフトをご存じの方はいますか。バックの培地の色や光の反射でなかなかうまくいきません。
 
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(無題) 削除/引用
No.11380-4 - 2023/04/20 (木) 02:02:34 - おお
WBやDNAのゲルのイメージをとるような機器などについた解析ソフトについている場合も多いと思います。

(無題) 削除/引用
No.11380-3 - 2023/04/19 (水) 21:04:32 - ema
ColonyCounter1.0(以下、コロニーカウンター)フリーソフトはあります。フリーソフトと市販のデジカメだけで自動カウントが出来ます。
スマホ・タブレットアプリでもあるようです。

画像が良い方が正確な値がでるので
LAS4000類似機器をお持ちなら、コロニーカウントソフトがついています。
https://www.cytivalifesciences.co.jp/technologies/imager/uv_right.html

機器購入して良いなら「コロニーカウンター」4万くらいから300万と幅広いですが。

(無題) 削除/引用
No.11380-2 - 2023/04/19 (水) 16:45:23 - qq
imagejだとこんな感じです。
1)きれいな画像を撮る。
2)画像を16bit-gray(8bit-grayかもしれない)に変換する。
3)process>subtract-backgroundで画像のバックグラウンドを削る。radiusを適当に大きくする必要があるだろう。
4)image>adjust>thresholdで二値化する。backgroundを黒に指定するかもしれない。
5)binary>watershedで接触しているコロニーを分割する。
6)analyse>analyse_particleでカウントする。いろいろ条件を調整する必要があるかもしれない。サイズを0からでなく、最小サイズを指定すると、点々のようなコロニーもどきを排除できると思う。

大腸菌コロニー数測定ソフト 削除/引用
No.11380-1 - 2023/04/19 (水) 15:39:40 - E.coli
大腸菌のコロニー数を画像から自動で測定してくれる良い方法あるいはソフトをご存じの方はいますか。バックの培地の色や光の反射でなかなかうまくいきません。

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