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フェノクロ抽出及びエタノール沈殿について トピック削除
No.11352-TOPIC - 2023/04/09 (日) 16:30:01 - ぴー
フェノクロ抽出からのエタノール沈殿の際、塩を加えると思います。
そのタイミングはDNAが含まれる溶液に塩を加えてからフェノクロ処理をしても良いのでしょうか。
一般的には、フェノクロ、クロロホルム処理だと思いますが、、、
 
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No.11352-7 - 2023/04/10 (月) 11:21:15 - AA
proteinase Kなどで組織片を溶解してゲノムDNAをとってくるような場合、塩はたいていはじめのLysisバッファーに含まれていて途中で添加せずに済むプロトコルになっていると思います。

(無題) 削除/引用
No.11352-6 - 2023/04/10 (月) 10:22:57 - G25
ただし、塩濃度が高すぎる→比重が大きすぎると、水層と有機溶媒層が逆転して水層が下層になります。その場合は、下層を回収すればいいだけですけど。
(Molecular Cloningでも比重が高い溶液の場合、層が逆転することがあるから注意しろという注釈があるだけで、塩が入っていたらだめとは言っていない)。

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No.11352-5 - 2023/04/10 (月) 06:13:01 - おお
たとえば制限酵素で高い塩濃度が必要な酵素がありますが(EcoRIやNotIなど)、そういった酵素を作用させた後にフェノール、クロロフォルム処理をして酵素(酵素活性)を除くということは大昔のプロトコールでは普通にあったとおもいます。

実験の都合でいろいろな溶液をフェノクロしてエタチンすることがあましたが問題がになることはなかったです。

(無題) 削除/引用
No.11352-4 - 2023/04/09 (日) 18:40:17 - G25
別に構いません。
プラスミドDNAやゲノムDNAを精製するとき、先に酢酸塩を加えて塩析して上清を回収します。
フェノール抽出物する場合は、この塩の入った状態でやって、アルコール沈殿の際にはアルコールだけ加えますでしょ。

それに経験上、塩が入っている状態でフェノール抽出した方が、切れ味がいいといいますか、中間層がコンパクトになって上清をきれいに取れるような気がする。あと、塩を加えておいた方が、フェノール抽出中に、特にオリゴなど短い核酸のロスが防げるというのもあったように思う。

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No.11352-2 - 2023/04/09 (日) 16:44:22 - ぴー
一般的には、フェノクロ、クロロホルム処理後に塩溶液を加えると思いますが

フェノクロ抽出及びエタノール沈殿について 削除/引用
No.11352-1 - 2023/04/09 (日) 16:30:01 - ぴー
フェノクロ抽出からのエタノール沈殿の際、塩を加えると思います。
そのタイミングはDNAが含まれる溶液に塩を加えてからフェノクロ処理をしても良いのでしょうか。
一般的には、フェノクロ、クロロホルム処理だと思いますが、、、

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