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8000bpと8050bpのDNAを分離したいです。 トピック削除
No.11347-TOPIC - 2023/04/07 (金) 19:36:27 - DNA
とあるDNAを制限酵素で切ると8000bpと8050bpの断片に分かれます。
8000bpの方をゲルで切り出したいのですが、0.5〜1%のアガロースゲルでは
上手く分離できませんでした。
何か分離が良くなる方法などございますか?
(PCRで8000bpの方を増やすという方法は,実験の都合上、無しでお願いします。)
どうぞよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.11347-6 - 2023/04/08 (土) 11:08:34 - DNA
みなさん、有難うございます。

>自分なら8050bpの方だけ切れるような制限酵素でさらに切って、8k付近は目的のバンドだけになるようにします。

なるほど、その方法がありましたか!
これなら上手く行きますね。
有難うございます!

(無題) 削除/引用
No.11347-5 - 2023/04/07 (金) 20:52:15 - おお
一層のことプラスミドに入れてクローニングするとか、事情が許せば。

(無題) 削除/引用
No.11347-4 - 2023/04/07 (金) 20:18:06 - おお
https://www.waters.com/nextgen/en/library/application-notes/2021/separation-and-size-assessment-of-dsdna-fragments-by-anion-exchange-chromatography-aex.html

イオン交換でも難しいかな、、、

あとは特異的な配列の部分を使ってハイブリでつる?

(無題) 削除/引用
No.11347-3 - 2023/04/07 (金) 20:01:00 - 774
それは相当困難では?
全長が数百bpで50bpの差を分離するならともかく8kbpでというのは。
よほど薄めて、かつ長時間流して何とか分離できたとして、それを切り出せるかと言うと微妙。

自分なら8050bpの方だけ切れるような制限酵素でさらに切って、8k付近は目的のバンドだけになるようにします。

(無題) 削除/引用
No.11347-2 - 2023/04/07 (金) 19:50:46 - qq
8050bpにだけある他の制限酵素切断部位はなかったのですよね?

8000bpと8050bpのDNAを分離したいです。 削除/引用
No.11347-1 - 2023/04/07 (金) 19:36:27 - DNA
とあるDNAを制限酵素で切ると8000bpと8050bpの断片に分かれます。
8000bpの方をゲルで切り出したいのですが、0.5〜1%のアガロースゲルでは
上手く分離できませんでした。
何か分離が良くなる方法などございますか?
(PCRで8000bpの方を増やすという方法は,実験の都合上、無しでお願いします。)
どうぞよろしくお願いいたします。

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