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Image JでDAB染色領域の面積測定 トピック削除
No.11344-TOPIC - 2023/04/07 (金) 15:54:37 - 20230407
Image JでDAB染色領域の面積を測定するためには、どのような手順でやればいいのでしょうか?
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.11344-5 - 2023/04/10 (月) 19:20:11 - 20230407
qqさん、totoさん
親切に教えてくださり誠にありがとうございます。
非常に勉強になりました。
早速実践させていただきます!

(無題) 削除/引用
No.11344-4 - 2023/04/08 (土) 22:10:22 - qq
ヘマトキシリン+強いDAB染色であれば、
1)Image>color>color-deconvolutionで”H DAB”を選ぶとヘマトキシリン染色とDAB染色を分離できることになっている。
2)DAB染色像とヘマトキシリン像を別々にThresholdで二値化する。二値化する基準は試行錯誤が必要かもしれない。
3)それぞれの画像をmeasureすると、染色領域が得られるので、DAB/hematoの面積で良いかもしれない。
4)Human protein atlas(web page)などに適当な画像が転がっているので、確認してみると良いかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.11344-3 - 2023/04/07 (金) 23:51:50 - toto
まず8bitの画像を用意します。一つの核だけなら、2値化してwand toolでその核をクリックすると、Measureで数値が出ます。いくつもの細胞の核を一斉に調べるには以下の通り。
1.Process>Filters>Gaussian Blurで処理して、余計な細部を減らします。
2.これを2値化するために、
Image>Adjust>Thresholdを押します。すると核が赤く選択された画像が出て、パネルが出ます。このときDarkBackgroundにチェックが入ってることを確認ください。これでApplyします。すると核が黒い反転画像がでます。
3.これだとまだ2つの核がつながってるところもあるので、2つにわけるために
Process>Binary>Watershed
を行います。これで2つのつながった核も分かれます。
4.Analyze>Analyze particlesで、すべてにチェックを入れて、ShowにOverlayMasksを入れると、解析結果が出ます。

Image JでDAB染色領域の面積測定 削除/引用
No.11344-1 - 2023/04/07 (金) 15:54:37 - 20230407
Image JでDAB染色領域の面積を測定するためには、どのような手順でやればいいのでしょうか?

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