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ありがとうございます 削除/引用 No.11342-5 - 2023/04/07 (金) 14:04:59 - gios 皆様、ご意見誠にありがとうございます。 まず、ボルケーノプッロットの描図をしてみようと思います。 その上で、有意差の有無に囚われず興味深い変化に着目して研究を進めてみます。 また、その結果として治療につながるような良いデータが出るようであれば、それと平行して大きなN数でqPCRでの解析も追加してみようと思います。 今後の方針が大変クリアになりました。 コメントありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.11342-4 - 2023/04/07 (金) 00:50:00 - あの それから、とりあえず、ボルケーノプロットを描いてみることをオススメします。

(無題) 削除/引用 No.11342-3 - 2023/04/07 (金) 00:40:48 - おお 統計的な検定の手法は、まずデーターの分布などの仕方を見て、その上で差があればどれくらいのサンプル数が必要かを見積り、その上でデーターをどのように取るかをデザインして、そのデーターをもとに検定をするものです。 ですからよく実験で使われている検定は実際にはなんちゃって検定です。再現性、consistency の目安として使っているだけで、有意に差があると言う検定とは厳密には言えない。あなたのばあいも、どれぐらいばらつき、どれぐらいのサンプル数いるか検討もつかないで実験するのですから、おなじことです。 それでも有意差があるものを選ぶというのは確実性を期待している。その違いは他よりリアルな可能性がありその後の解析でデーターになりやすいだろうということです。 逆に有意差ががなかろうと重要な変化だと思えばそれを追求する事はあっても不思議ではありません。 また有意水準が0.05以下と一応なってますが、それに具体的根拠はなく、検出力を考慮して0.1にすると言ったことなくは無い選択肢です。

(無題) 削除/引用 No.11342-2 - 2023/04/07 (金) 00:28:16 - あの 様々な考え方があると思いますが、5年ぐらい前と比べて、費用は大分安くなりました。 データをどう使うかにも、よると思います。 たとえば、 あるサンプルで発現するRNAのリストをみたいだけで、有意差をもって公表する必要が無いなら 一例でも役立ちます。 しかし、二群の比較をして公表するなら、第1種や第2種の過誤の心配がいらない数が 求められると思っておいた方が良いと思います。第三者であるレフェリー等がどう思うかを 考えれば。 ちなみに、1サンプルあたりの費用が高かった頃には、グレーゾーンのN数でRNAseqして 興味深い遺伝子については、もっと大きなN数でqPCRをするということで論文にした経験はあります。

RNA-seqデータのサンプル数 削除/引用 No.11342-1 - 2023/04/06 (木) 23:53:39 - gios RNA-seqの（というより基礎研究）超初心者です ある２群間（治療介入前 vs 治療介入後)でRNA-seqを行い、介入による２群間の遺伝子量発現の違いについて解析を行い、最終的にはそこで得られた２群間の違いを特徴づける因子に着目した治療などへつなげていきたいと考えています。 上記のような場合、RNA-seqはあくまでも因子を探すための手段ですが、そのような場合、皆様は有意差を気にされているのでしょうか？ 当然、有意な差をもって２群間で差のある因子を同定するという手順を追う方が良い・追うべきとは思うのですが、例えばcontrol と treat 各々3 sampleずつ用意をして、total n=6でRNA-seqを行う場合の予算などを考慮すると、有意差は無くとも傾向だけでも捉えられればという思いも出てきてしまうのが正直なところです。 有意差もなく、何を根拠に研究を進めるのか！と思われる方もいらっしゃるかとは思いますが、コストを考慮した際に悩ましいため皆様のご意見を伺いたいです。 よろしくお願いします。

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