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torula RNAの溶かし方 トピック削除
No.11335-TOPIC - 2023/04/04 (火) 16:16:18 - ごはん
(whole-mount) in situ hybridization に用いるtorula RNA がうまく溶けてくれません。
リボ核酸 from torula yeast（sigma）1 gをDDW20 mLに溶かそうとしたのですが、かちかちの沈殿になって溶けませんでした。

うまく溶かせるような濃度、tipsなどあれば教えてください。
　
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(無題) 削除/引用
No.11335-6 - 2023/04/05 (水) 08:13:43 - 2ME
researchgateに同様の質問がありますが、質問者の参考になるでしょうか？

www.researchgate.net/post/What_is_the_best_method_to_dissolve_torula_RNA

www.researchgate.net/post/Methods_to_dissolve_Yeast_RNA_Roche_109223

www.researchgate.net/post/Any-advice-on-what-to-do-when-your-yeast-RNA-extract-will-NOT-get-into-solution

最後の"I realized that the powder is not RNA extract! It is lyphilized yeast cells."には笑ってしまう。

(無題) 削除/引用
No.11335-5 - 2023/04/04 (火) 18:54:05 - G25
50 mg/mLでしょう？
わたしは10 mg/mLとか20 mg/mLのストック溶液にしてた。
それで大抵の用途で50x~100x working conc.くらい。
ハイブリバッファの組成の関係でそれくらい濃くないと収まらないのだ（ほかの試薬で体積がいっぱいいっぱい）。
50 mg/mLはそれよりちと濃いけれど、溶けない（しかもカチカチの沈殿のまま）というのはないように思う。

(無題) 削除/引用
No.11335-4 - 2023/04/04 (火) 18:13:42 - 4月だね
>[Re:1] ごはんさんは書きました :
>1 gをDDW20 mLに溶かそうとしたのですが

それって1350 OD。
100倍くらい希釈する。

(無題) 削除/引用
No.11335-3 - 2023/04/04 (火) 16:51:35 - G25
pHペーパーかなんかでざっと上清のpHを見てみて。
かなりの酸性になってないでしょうか。
塩になっていない遊離酸のRNAなんかだと電離度が低く、またそれ自体が酸であるため溶媒を酸性化してしまうためますます電離が妨げられるので溶けにくいです。
10 mM程度の中性付近のTris bufferを使ったらよかったかもしれない。
すでに水を入れてしまったのなら濃いTrisバッファを適当量の入れるか、NaOHなんかでpHを中性付近まで上げると溶けるかも（粉末で買ったATPなんかもそうやって溶かす方法があります）。

あるいは核酸が二価金属塩になっていても溶けにくいですからEDTAを含むバッファを使うといいかもしれない。核酸の溶媒にTEが好まれるのはそういう意味もあります。

あなたのラボにもヌクレアーゼフリーのそういうバッファ類はあるでしょ？

(無題) 削除/引用
No.11335-2 - 2023/04/04 (火) 16:28:56 - のなめ
めちゃ溶けにくいみたいですね。

下の論文だと、50℃のDDWで溶かしているので、加温してみてはいかがでしょう。
https://biologicalproceduresonline.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12575-018-0071-z

torula RNAの溶かし方 削除/引用
No.11335-1 - 2023/04/04 (火) 16:16:18 - ごはん
(whole-mount) in situ hybridization に用いるtorula RNA がうまく溶けてくれません。
リボ核酸 from torula yeast（sigma）1 gをDDW20 mLに溶かそうとしたのですが、かちかちの沈殿になって溶けませんでした。

うまく溶かせるような濃度、tipsなどあれば教えてください。
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