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BLASTN検索で片側だけを検索したい トピック削除
No.11315-TOPIC - 2023/03/29 (水) 16:59:29 - BLAST
目的の遺伝子（遺伝子A）配列をBLASTNで検索した時にもちろんヒットした遺伝子が表示されますよね。
ただ目的の遺伝子の逆相補鎖（リバース側）の配列を入力しても同じように遺伝子Aがヒットして表示されます。

逆相補鎖の配列とホモロジーが高い別の遺伝子の情報を得たいため、表示される検索結果から遺伝子Aの情報を除きたいのですが、どのようなBLASTの工夫をしたらよろしいでしょうか？

詳しい方ご助言をお願い致します。
　
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(無題) 削除/引用
No.11315-2 - 2023/04/03 (月) 16:21:22 - 橘
Local BLASTなら
-strand plus
を付ければplus/plusのヒットだけに限定できます。
また、
-outfmt "6 出力したい属性のキーワード"
でタブ区切りテキストでBLASTヒットの結果を得られますが、キーワードに sstrand を指定すればそのままか逆相補鎖かの情報が得られます。
Local BLASTの使い方は
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/
を見て下さい。

今見た限り、Web BLASTだとオプションがないですね、たぶん。

BLASTN検索で片側だけを検索したい 削除/引用
No.11315-1 - 2023/03/29 (水) 16:59:29 - BLAST
目的の遺伝子（遺伝子A）配列をBLASTNで検索した時にもちろんヒットした遺伝子が表示されますよね。
ただ目的の遺伝子の逆相補鎖（リバース側）の配列を入力しても同じように遺伝子Aがヒットして表示されます。

逆相補鎖の配列とホモロジーが高い別の遺伝子の情報を得たいため、表示される検索結果から遺伝子Aの情報を除きたいのですが、どのようなBLASTの工夫をしたらよろしいでしょうか？

詳しい方ご助言をお願い致します。
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