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(無題) 削除/引用 No.11286-6 - 2023/03/24 (金) 10:45:29 - wwn 紹介していてなんですが、ImageJ以外は試しただけ止まりです。 ルーチンではThermoのCountessがあるのでそれを使っています。 細胞を数えたい現場にある顕微鏡には撮影機能がないのでその場で数えるのに重宝しています。 しかし、自身の作業においてConfocal画像などではImageJの基本機能で事足りています。 おそらくそれで対応できなくなれば紹介したうちのどれかを使って自分の撮影した画像をうまく処理できるものを使うと思います。 だれか実際に使用している人の意見が聞ければいいのですが、、、

(無題) 削除/引用 No.11286-5 - 2023/03/23 (木) 09:44:54 - おお >[Re:4] wwnさんは書きました : > なお、他に使えそうなものとして下記のものも上げておきます。 > Cellprofiler, Qupath, ilastick いろいろとお示しいただいてありがとうございます。まだそれぞれを確認できていませんが（メガネが壊れて今書いてる画面もほとんどなにタイプしたか見れないで売ってたりして、、、）、どれをルーティーンで使っているとかありますか？

(無題) 削除/引用 No.11286-4 - 2023/03/22 (水) 16:44:10 - wwn 核を目印にしなくても密集具合によりますが、GFP発現細胞を認識もしくはセグメンテーションすることはできそうな気がします。 なお、他に使えそうなものとして下記のものも上げておきます。 Cellprofiler, Qupath, ilastick

(無題) 削除/引用 No.11286-3 - 2023/03/22 (水) 11:49:23 - おお ありがとうございました。お示しのもの調べてみます。 私のほうは以下のようなものを見つけました。 http://levenfus.com/pubserv/An_efficient_method_for_counting_cells.pdf ImageJを拡張したものらしくって書いている操作的にはそんなにややこしくなさそうだけど、どうでしょうか。DAPIで染めなくてもいけるらしいけど、それに関しては細かい説明はないですね、、、 各染色ぐらいはしてもいいかなとは思っています。あとGFPとか発現させて細胞をその蛍光でという方法もあり得るのかもしれないけど、そうすると核のようにいくかというと、、、

(無題) 削除/引用 No.11286-2 - 2023/03/22 (水) 10:21:07 - wwn 核の染色像でなくても位相差や微分干渉で適切に撮影された画像であれば特に特別なソフトはなくてもImageJの基本機能でもやりようによってはカウントできると思われます。 とはいえ、面倒なのでそれ用のpluginもあったはずです。（自身で使用機会がないので覚えていない） 染色像であればwekaなんかもいいかもしれないです。 また、細胞特化であればcellposeは良さそうなソフトと思っています。

セル　カウント 削除/引用 No.11286-1 - 2023/03/21 (火) 16:12:52 - おお 最近では簡単な顕微鏡像を撮りさいぼうをカウントしてくれる機器が色々と出てます。と言うことは、そういうアルゴリズムが確立されていて、それを使えば普通の顕微鏡で撮ったイメージもそのあるごりずむを使ってカウントできるはずです。 そのようなソフトなどないのかなぁと思い始めて今に至るなんですけど、どなたかそういうの知っているとか使っているとかないでしょうかねぇ。そもそも、顕微鏡があっるのに、もう一台顕微鏡像を撮ってカウントっていうのはなんか馬鹿げていると思ってしまうのです。 できれば接着細胞をそのままカウントできないかなあと。

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