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(無題) 削除/引用 No.11247-9 - 2023/03/07 (火) 09:54:19 - AA 知り合いに本当に目視でやるスタイルの人がいました。 学生にwordファイルをプリントアウトしたものをリファレンスとして渡して、Finchみたいなフリーウェアで開いたab1ファイルの波形と見比べてクローニングエラーがないか目で調べさせていました。 不正確で意味ないですし今の時代これじゃ下手するとアカハラですよと伝えたら、私もこうしてやってるんだから余計なことを言うな、と激高されたので放置しました。 世の中には色んな人がいます。

(無題) 削除/引用 No.11247-8 - 2023/03/07 (火) 01:30:47 - おお 確かに波形データーは目視で怪しい所がないかちぇっくするべきだけど、その事を言っているのか？

(無題) 削除/引用 No.11247-7 - 2023/03/07 (火) 01:02:14 - 目視とは まさかATGCの羅列を紙で渡されて見比べてるんじゃあるまいし・・ 波形データで機械読み取りされてるか精査しなさい だったらまず波形が見れてるということだから そのソフトにアライメント機能はありそうだけど 渡されたデータがAb1とか最悪txtファイルなら 他の人たちの言うApeやオンラインでも比較はできるはず ウイルス対策とか秘密保持の面で 海外フリーソフト使うなアップロードもすんなって昭和脳に言われてるなら テキストデータをエクセル関数で部分一致でもさせてみるとか？

(無題) 削除/引用 No.11247-6 - 2023/03/06 (月) 11:04:18 - コロ 同じような内容で苦戦しているので、私も質問させて下さい。 現在、ApEを使用してシーケンスデータとリファレンス配列の比較をしようと試みています。 しかし、比較結果を出力したら無茶苦茶な比較データが出てきます。 調べる限りでは勝手に同じ配列を探して比較してくれると思っていたのですが、短い配列を無理やり伸ばして比較しようとしている様です。 (ATGと3つ連続の配列を、A---T----Gと途切れて10配列にしている感じです。) ApEでアライメントをなさっている方がいらっしゃれば、正しい使用法をご教授いただけないでしょうか？ 何卒よろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.11247-5 - 2023/03/06 (月) 00:39:50 - 24 先輩からシーケンスの生データ貰えるなら色々できるでしょう。 さすがに目視で確認は今時ナンセンスだと思う。 ちなみに私たちは無償ソフトのApEのアライメント機能で調べてるよ。

(無題) 削除/引用 No.11247-4 - 2023/03/05 (日) 19:00:21 - G25 CLCのmultiple sequence alignment の出力例 https://www.researchgate.net/figure/Multiple-sequence-alignment-conducted-by-CLC-Sequence-viewer-80-of-partial-nucleotide_fig2_354890834 塩基の色分けと、塩基の保存度を示す棒グラフで、不一致箇所が一目瞭然。 もちろんmultiple sequence じゃなくて一対一でも使えます。

(無題) 削除/引用 No.11247-3 - 2023/03/05 (日) 18:43:56 - おお blast searchとか、CLUSTAL wとかその類のアライメントがOn lineで使えるけど。

(無題) 削除/引用 No.11247-2 - 2023/03/05 (日) 18:40:17 - G25 multiple sequence alignmentをするソフトウェア(デスクトップ版、web版)無料で使えるものも沢山あります。リファレンス配列とチェックしたいシークエンス全部、いっぺんに投げ込んだらすぐです。 Clustalというメジャなプログラムで十分で、多くの遺伝子解析パッケージソフトにも組み込まれてます。 「multiple sequence alignment」で検索したらいろいろ見つけられますので気に入ったものを使えばいい。 わたしはCLC sequence viewerとい商用ソフトの機能限定の無償版を使うことが多いです。 https://clc-sequence-viewer.software.informer.com/8.0/ 無償版でもかなりのことができます。

プラスミドのシーケンス結果判定の方法 削除/引用 No.11247-1 - 2023/03/05 (日) 17:40:28 - まうす シーケンス結果の判定方法についてアドバイスいただけないでしょうか？ 現在、先輩が大腸菌からプラスミドを精製してシーケンスにかけています。 結構な量があるので、その結果が目的の配列と同様か確認する作業を先輩から手伝うようお願いされました。 その先輩は得られた結果と目的の配列が同一かを得られたデータとサイトを目視で一つずつ見比べて確認しています。 ですが、目視なんて見間違える可能性がありますし、量が多いとすぐに終わりません。 この時代に目視しか判定する方法が無いとは思えないのですが、皆さんはどのように確認していますか？ ぜひ皆様のお知恵を拝借できればと思います。 よろしくお願いします！

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