>[Re:6] CKさんは書きました :
> まず、変異のタイプですが、frameshiftや終始コドンなどではありません。その他の内容は割愛しますが、ラボの全員が機能欠失の可能性はほぼないという点で、同意しています。
今回のケースとは関係ないですがframeshiftや終始コドンが機能喪失と限ってはいません。
それはさておき、何らかの機能があると見ているならその機能面での解析のほうが糸口をつかめそうですですが（どうなやなんとなくそう思っている程度ではなさそうなので）。
以下は一つの見方ですが（ここでのやり取りでそう見えても仕方がないくらいで実際にはもっと熟考されているみたいですが）、
何らかの機能を獲得したという作業仮説があって変異体と正常を発現してRNAseqをやった結果、有意な差を認めなかった。という話方をするなら、これは作業仮説が正しくないという結論とも言える。
変異の話に戻すと癌における変異で見かけ上アミノ酸が変わるだけと思われるものでもその１５％ぐらいは変異によりRNA metabolismがかわりタンパクレベルで発現していないかエクソンの構成が変わってしまっているという見積もりがあります。
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> また、TCGAにもデータはあるにはあるのですが、癌種がメジャーではないので、解析数が少なく2groupの比較が難しいです。そのため、誰もこの遺伝子変異に着目していません。
変異を持つ癌１つ及び少数 VS その他多数などでも解析はできないわけではないと思います。
変異でなにか特異性がないかとは絞り出せる可能性はまあまああるだろうし、クラスタリングでどのグループに近いか、そのグループの特徴はなにかなど。
> しかしながら、この変異には意義があることは誰の目から見ても明らかな状態です。
その根拠がわからないのでなんとも言えませんし、開示できないのは仕方がないと思いますのでなんか言っている程度で流してもらえばいいかもしれませんが、意義があるとする根拠があるならなぜそこを攻めないのかとちょっと思うところがあります（事情がわからないので無理なことを言っているのかもしれませんけど）。
癌なら一応形質、表現型などでできることがあって、Transformationとか遊走性、転移のIn vitroモデル、増殖速度、Contact inhibitionの抑制、足場非依存的増殖、Organoids形成不全など可能性がありそうなものはやっていったほうがいいと思います。
> 局在が細胞質と核内にあるのに、まずは、RNA-seqで様子を見てみたという感じです。
変異で局在は変わってないのですよね。あとは変異することによってもしかしたらモディフィケーションかもしれないようなバンドが現れるとか、消えるとか。 |
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