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RNA抽出の濃度について
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No.11227-TOPIC - 2023/02/20 (月) 16:02:47 - おお
こんにちは。研究室に配属されたばかりの学部3年です。
6,12,24wellの各プレートからRNA抽出を1well分した際の平均的な濃度(ng/uL)が知りたいです。
詳しい方いたら教えてください。
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誤記の訂正
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No.11227-10 - 2023/02/28 (火) 14:58:44 - vgb
1行目 誤)10の-11乗 → 正)10の-12乗
(無題)
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No.11227-9 - 2023/02/27 (月) 18:13:14 - vgb
細胞1個あたりのRNA量はだいたい10pg前後です(p(ピコ)は1x10の-11乗)。
細胞数は
6 well plate well あたりの飽和細胞数1x10の6乗くらい
12well plate wellあたりの飽和細胞数 0.5 x10の6乗くらい
24 well plate wellあたりの飽和細胞数 0.2 x 10の6乗くらい
だそうです。
もちろん細胞数は細胞の種類や、増殖状態(対数増殖期、定常期)つまりどのくらいの飽和度の細胞サンプルを使うのかで変わってきます。細胞の種類と播種細胞数、plateの種類、サンプリング時期(何日めにサンプリングするか)を記載すれば、誰か代わりに実験してここでこのくらいだったですよと誰か教えてくれると思います。たぶん。
(無題)
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No.11227-8 - 2023/02/22 (水) 11:37:25 - おお
様々な意見ありがとうございます。
ご指摘の通り,実際にやってみて実測するのが一番確実だと判断しましたので,教授に相談してみます。
(無題)
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No.11227-7 - 2023/02/21 (火) 10:53:15 - おお
違ったら大変申し訳無いんだけど、もしかして、調べろと言われて丸投げとか、、、
(無題)
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No.11227-6 - 2023/02/21 (火) 09:47:27 - AA
対象もHEKということで細胞数からおおよそのRNA量は推測できると思いますが、最終的には実験者の手技によってブレると思います。
マイクロアレイ解析、ということですので取れてくるRNAの品質も問題になりますので、上の先生にお願いして実際に各サイズのwellから自分がどのくらいRNAを得られるのか実測させてもらってはいかがですか?
配属されたばかりとのことですから手技的に習熟作業も必要でしょうし、Trizolみたいな試薬はフェノールの取り扱いということで危険性をよく理解する必要もあります。
目が飛び出るような高価な試薬というわけでもないので習熟作業の実施に反対されることも無いと思いますよ。
(無題)
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No.11227-5 - 2023/02/20 (月) 18:44:59 - G25
>導入するPlasmid量は,6well 4ug, 12well 2ug, 24well 1ugです。
この情報、関係ない。
細胞数や組織試料の湿重量から、おおよその取れ高を見積もります。
そういうう形で実験書やキットの説明書なんかにも、標準的な収量は出てると思う。
細胞数の計測くらい、できるんじゃないかい。
(無題)
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No.11227-4 - 2023/02/20 (月) 16:36:24 - おお
qiagen.com/it/resources/faq?id=a1ec0fba-aa60-417c-a9ee-f7013cbe0dfa&lang=en
thermofisher.com/us/en/home/references/ambion-tech-support/rna-isolation/general-articles/rna-yields-from-tissues-and-cells.html
(無題)
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No.11227-3 - 2023/02/20 (月) 16:20:55 - おお
すみません。
プラスミドを導入したHEK細胞から,トリゾールとかイソプロでRNA抽出する予定です。
細胞量は8割からコンフルぐらいで,導入するPlasmid量は,
6well 4ug, 12well 2ug, 24well 1ugです。
マイクロアレイ解析のために1ug以上のRNAが必要で,このような質問をしています。
(無題)
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No.11227-2 - 2023/02/20 (月) 16:14:01 - 774R
詳しい人に教えてもらう前に、もっと詳しい内容で質問してください。
変数が多すぎて回答不能です。
RNA抽出の濃度について
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No.11227-1 - 2023/02/20 (月) 16:02:47 - おお
こんにちは。研究室に配属されたばかりの学部3年です。
6,12,24wellの各プレートからRNA抽出を1well分した際の平均的な濃度(ng/uL)が知りたいです。
詳しい方いたら教えてください。
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