Bio Technical フォーラム

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全ゲノム情報をExonを大文字、Intronを小文字で入手したい トピック削除
No.11220-TOPIC - 2023/02/18 (土) 07:51:04 - 乾いてない研究者
普段はゴリゴリのWet研究をしていて、Dry研究はド素人です。

表題の通りで、ヒトの全ゲノム塩基配列を、Exonを大文字でIntronは小文字で入手したいです。Fasta形式（テキストファイル）でダウンロード出来れば嬉しいです。

NIHからダウンロードしたGRCh38のReference Genome Sequenceのファイルが目的に適うものと思ったのですが、使ってて気付いたのですが、ExonとIntronの割り付けがかなり曖昧（自分の研究対象の遺伝子いくつかで調べたら、Ensembl Genome Browser等の別のブラウザで出てくる情報とかなり違っており、IntronのGT-AGルールから外れた形になってるのが殆ど。勿論そういうIntronもあるんでしょうが、余りに多すぎる。）で、もう少し正確（という言い方は正確じゃないとは思うけど、どう表現したら良いかわからない）なデータが欲しいと思っています。そういうデータベース、ダウンロード先をご存じでしたら教えて頂けないでしょうか？よろしくお願いします。
　
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全ゲノム情報をExonを大文字、Intronを小文字で入手したい 削除/引用
No.11220-1 - 2023/02/18 (土) 07:51:04 - 乾いてない研究者
普段はゴリゴリのWet研究をしていて、Dry研究はド素人です。

表題の通りで、ヒトの全ゲノム塩基配列を、Exonを大文字でIntronは小文字で入手したいです。Fasta形式（テキストファイル）でダウンロード出来れば嬉しいです。

NIHからダウンロードしたGRCh38のReference Genome Sequenceのファイルが目的に適うものと思ったのですが、使ってて気付いたのですが、ExonとIntronの割り付けがかなり曖昧（自分の研究対象の遺伝子いくつかで調べたら、Ensembl Genome Browser等の別のブラウザで出てくる情報とかなり違っており、IntronのGT-AGルールから外れた形になってるのが殆ど。勿論そういうIntronもあるんでしょうが、余りに多すぎる。）で、もう少し正確（という言い方は正確じゃないとは思うけど、どう表現したら良いかわからない）なデータが欲しいと思っています。そういうデータベース、ダウンロード先をご存じでしたら教えて頂けないでしょうか？よろしくお願いします。
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