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(無題) 削除/引用 No.11215-4 - 2023/02/17 (金) 05:01:21 - おお >qRT-PCRのようにハウスキーピングで補正するという操作はRNAseqにないのはなぜなのでしょうか？ Global standardization

(無題) 削除/引用 No.11215-3 - 2023/02/16 (木) 18:11:28 - AA N=3以上ないとだめではないかと思います。 正規化についてはTPM正規化が最近は主流だと思います。 Transcript Per Millionの略で、リード全体を1000塩基の転写産物100万個として補正した場合に当該のtranscriptがどのくらいあるのかを示す数値です。 これにより、持ち込んだmRNA量の多寡の影響は排除されます。

RNAシークエンスの受託解析について 削除/引用 No.11215-1 - 2023/02/16 (木) 17:32:07 - RNA 標題の件で２つ質問させてください。 よろしくお願いいたします。 Bulk RNA seqは初めてで、年度末のキャンペーンを利用する許可をいただけたものです。 １. differentially expressed genes遺伝子 (DEGs) をボルケーノプロットで示すには、N=2以上あればよいでしょうか？N=1では縦軸を統計学的有意差差としたボルケーノプロットは書きようがないですよね？ 2. 論文を読むとよく生データがGEOに公開されてることが多々あります。 もし各遺伝子について数字がRNAのコピー数？のような場合、２つの比較対象のサンプルがあった場合にそもそもの最初のRNAに量比があれば、それがそのままコピー数に反映されるのではと考えてしまいました。 qRT-PCRのようにハウスキーピングで補正するという操作はRNAseqにないのはなぜなのでしょうか？ 稚拙な質問で恐縮ですが、こういった実験に明るくなく、また聞けるひとが周りにいないため、どうぞよろしくお願いいたします。

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