>[Re:1] melさんは書きました :
>
>
> 例えばCreloxP配列が1つのエクソン領域の両端に入っていたとして、
> Creにより切断されると不完全なmRNAとなり翻訳されないところが、
> RNA-seqではRNAを断片化するため、
> Creで切り取られていない残りの断片がリードとしてカウントされる、
> といったことが起こりうるでしょうか。
起こらない理由がわかりませんが、、、切り取られてない箇所でRTPCRしてみればわかるかもしれん。タンパクが発現しないことにより、フィードバックがかかり少し転写産物が多くなっていれば、一部欠いた転写産物でも見劣りしないカウント数になるかもしれない。 |
|