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(無題) 削除/引用 No.11205-10 - 2023/02/23 (木) 22:04:22 - 散々 >[Re:4] emaさんは書きました : > 使用方法がほぼ同じ代用品 > https://ruo.mbl.co.jp/bio/product/nucleic-acid-extraction/smitest_exrd_kit.html これ、バブル期に各社で新事業分野の開拓が盛んに行われていた時、柔らか頭の住友金属が開発した製品ですね。 このキットでエタノール沈殿の共沈剤に使われているデキストランT-2000は希薄な核酸でも確実に回収するので、秀逸な発明だと思います。

(無題) 削除/引用 No.11205-9 - 2023/02/23 (木) 21:53:30 - 瑠璃 >クロロホルムの法規制が厳しくなり、 4月からの安衛法の改正でまた何かあるのかと思いきや、クロロホルムに関しては何もないですね。 クロロホルムが特定化学物質に加わった２０１４年から今日まで使っていたのなら、特に変更すること無いのではないですか。 totoさんも言われているように、1-Bromo-3-chloropropaneも劇物にはかわりなく、違うことと言ったらSDSの提供義務物質でないことくらいでしょう。

(無題) 削除/引用 No.11205-8 - 2023/02/22 (水) 13:45:04 - G25 また余談ですけど、 >メーカー（主にRNA回収などのキット）のサイトに記載があります。 これAGPC法（Trizol類似製品）で、相分離を起こさせるために入れるクロロフォルムに関しての記載ですね。 AGPC法の改良版というか後継版のRNAsol (Isogen IIとしてニッポンジーンからも販売）ならクロロフォルム使わなくてすみます。 RNAsolはクロロフォルム加えて相分離させるんじゃなくて、水を加えて不純物の沈殿と上清に分離させます。AGPC法を発明したのと同じ人が開発した方法です。

(無題) 削除/引用 No.11205-7 - 2023/02/22 (水) 13:34:31 - G25 問題はフェノールに（相分離を促進させるために）混合する溶媒としてクロロフォルムのかわりになるものはないかということですよね。 クロロフォルムのように比重が大きくて有機溶媒が下層にくるような代替品は簡単にはありそうにないですねえ。水飽和フェノールの比重がもともと水より大きいく下層に行くので、比重が小さくてもそれを逆転させない程度添加して効果のある有機溶媒があればいいのかもしれません。 以下、余談。 初期の頃はフェノール→フェノール/CIAA→CIAAと三段階抽出するのが作法でしたけど、もはやフェノール単独で抽出するのは、多糖類も効率的に除去したいとかいう特別の目的がないかぎり、いまあんまりやらないんじゃないかな。除タンパク質だけだったらフェノール/クロロフォルム混合液のほうが、相分離もよく性能もいい。 フェノール除去のためにやるクロロフォルム抽出の代替としてジエチルエーテル抽出というのは教科書にもでている方法でした（たしか、Molecular Cloningのすくなくとも初期のは版にはでていた）。エーテルはエーテルで火災をまねく危険性があるので使いたくないですけど。 まあ、この目的では危ない溶媒で抽出するメリットはあまりなくて、アルコール沈殿で十分だと思いますが。 除タンパク質して核を精製する方法としてフェノール抽出が見いだされる前は、クロロフォルム抽出をなんども繰り返してやってたそうですね。なんでも、フェノール抽出はもともとタンパク質試料から核酸を除去するという逆の目的で使われていたらしい(これもMol. Cloningからなのネタ）。フェノール抽出のほうがはるかに効果的なので、いまじゃクロロフォルム抽出を除タンパク質の目的で使うことほぼなくなっていると思いますけど。 あっ、そういいえば数年前に共沈剤用にカキ由来グリコーゲンを除タンパク質精製したときは、どこかのプロトコールを参考にクロロフォルム抽出を繰り返してやりました。フェノールは多糖類も除去してしまいますから。

(無題) 削除/引用 No.11205-6 - 2023/02/22 (水) 12:35:23 - toto G25さんのいわれるように、いまどきフェノクロ？という気もするのですが、組織からゲノム取ってナノポアでNGSやるときなどでは、やはりフェノクロでとったゲノムDNAが一番安定してリードがとれる感じです。プロトコール的にはカラムで、とはなってますが。イソアミルアルコールはいらないにしても。 フェノールの除くのにはエーテルを使えるし、他の有機溶媒でもいいわけですが、なかなかクロロホルムに代わる使い勝手のいいのがありません。エーテルはあんまり使いたくないしブタノールは臭いので、香りのいいレモゾールというのをしばらく使ってましたが、香りはいいけど結果はどうもいまいちで、安定しません。理由がわからないのですが。 フェノクロに代わる、というのはいろいろとキットやカラムで出てはいるのですが、使ってみても、どれもいまいちで、大事なゲノムはフェノクロで、となってます。

(無題) 削除/引用 No.11205-5 - 2023/02/22 (水) 02:55:06 - おお Purification and Concentration of DNA from Aqueous Solutions David Moore, Dennis Dowhan doi.org/10.1002/0471142727.mb0201as59 (Liquid + liquid) equilibrium of {water + phenol + (1-butanol, or 2-butanol, or tert-butanol)} systems doi.org/10.1016/j.jct.2010.06.007 クロロフォルムが使いたくないなら、フェノール単独処理後、エーテルで有機溶媒を除くということはできるようですがエーテルはどうでしょうね、、タンパク抽出的な視点では。 あとブタノールがDNA溶液の濃縮に使われますが、そういう目的でない場合は水で飽和せせておいてDNA溶液に加えて２そう分離させるとフェノールはブタノールの方に行くであろうから、クロロフォルムの脱タンパク的な役割がいらないとしたらフェノール抽出を（場合によっては繰り返し）してからブタノールでフェノールを抽出するという手順も取れるでしょうね。ちなみにブタノールは水より軽いので上のそうに来ます。 ま、机上の空論かもしれません。 ,

(無題) 削除/引用 No.11205-4 - 2023/02/21 (火) 20:02:49 - ema 使用方法がほぼ同じ代用品 https://ruo.mbl.co.jp/bio/product/nucleic-acid-extraction/smitest_exrd_kit.html https://www.funakoshi.co.jp/contents/485 とかにいっそ変更してしまうとか。

(無題) 削除/引用 No.11205-3 - 2023/02/21 (火) 18:02:24 - G25 関係ないけど、 >フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール(25:24:1)の 俗にPCIなんて言いますけどフェノールとクロロフォルムを混合して使うとき、Iにあたるイソアミルアルコールは入れなくていいと思います。フェノールを除く目的なんかでクロロフォルムで抽出する場合、クロロフォルム単独だと疎水性が強すぎたりして扱いづらいからイソアミルアルコールを添加するんですね。フェノールと混ぜて使うなら1:1のクロロフォルムだけでいい。 昔は、フェノールで抽出した後はクロロフォルム抽出するのが当然だったので、クロロフォルムとイソアミルアルコールを24:1で混合したCIAAというのが常備されていたものです。フェノールとクロロフォルムの混合液もCIAAで作るのが普通でだったので、その名残で製品によっては今もイソアミルアルコールが入っているだけです。 近年では、フェノールで抽出したあとエタノール沈殿すれば十分にフェノールは取り除かれることが理解されていますから、わざわざクロロフォルム抽出のためCIAAを常備しているラボはあまりないんじゃないかな（もっとも、そもそもフェノール抽出自体、あまりしなくなっていますけど）。

(無題) 削除/引用 No.11205-2 - 2023/02/21 (火) 17:34:28 - toto クロロホルムの代用がないかとはずっと探してきましたが、これはあまりお勧めできません。確かに比重が重く、使い勝手としてはクロロホルムと似てます。フェノールを除くのにも使えて、エタ沈もできます。ただ、劇物指定にかわりはなく、発がん性も高く労働安全衛生法では変異原性とされていて、それに臭くて、頭が痛くなり、ドラフトから出せるようなものではありません。法的規制というより、薬品の危険性として、クロロホルムといい勝負のような気がします。

クロロホルムの代用 削除/引用 No.11205-1 - 2023/02/15 (水) 15:51:10 - フィロ クロロホルムの法規制が厳しくなり、その代用品として1-Bromo-3-chloropropane（BCP）が使用できることが、メーカー（主にRNA回収などのキット）のサイトに記載があります。 フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール(25:24:1)の クロロホルムを、BCPに置き換えて使用することが可能か、 情報お持ちの方いらっしゃいますか。

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