Bio Technical フォーラム

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RNA-seqのデータからのvariant検出 トピック削除
No.11203-TOPIC - 2023/02/15 (水) 10:10:21 - aow
いつも勉強させていただいております。

ある種の特定のがんのRNA-seqを集めたデータセットを
遺伝子X変異アリのグループと遺伝子X変異なしのグループに分けて比較したいと考えています。

この際にRNA-seqにリードデータから遺伝子Xの変異アリとナシを判定するのに有効なツールはございますでしょうか。一つ一つ遺伝子Xノコーディング領域をIGVで見ていくしか方法はないでしょうか？

どうぞよろしくお願いいたします。
　
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RNA-seqのデータからのvariant検出 削除/引用
No.11203-1 - 2023/02/15 (水) 10:10:21 - aow
いつも勉強させていただいております。

ある種の特定のがんのRNA-seqを集めたデータセットを
遺伝子X変異アリのグループと遺伝子X変異なしのグループに分けて比較したいと考えています。

この際にRNA-seqにリードデータから遺伝子Xの変異アリとナシを判定するのに有効なツールはございますでしょうか。一つ一つ遺伝子Xノコーディング領域をIGVで見ていくしか方法はないでしょうか？

どうぞよろしくお願いいたします。
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