その論文のプルダウンは精製されたタンパク質でやってませんか?で、IPの方は細胞からのライセートとか。
精製したタンパク質同士ならそれ以外に何も無いわけで、アフィニティーが有れば結合が見れる。
ライセートの場合、それぞれのタンパクが局在する場所でタンパク質複合体を形成している。その複合体をIPするなら局在が違えば、違うタンパク複合体を形成しているので、IPでは局在が違うタンパク同士ではinteractionは見れない。
このような理屈に思えるのだけど、IPであっても一度lysatesにしてしまうと複合体を形成しない、あるいは外れたフリーのタンパクも存在する可能性があるから、そこは慎重になるべきではあると思います。
お示しの論法は、よわいながらにも示唆的ではあると思います。 |
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