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(無題) 削除/引用 No.11201-6 - 2023/02/14 (火) 17:55:33 - おお その論文のプルダウンは精製されたタンパク質でやってませんか？で、IPの方は細胞からのライセートとか。 精製したタンパク質同士ならそれ以外に何も無いわけで、アフィニティーが有れば結合が見れる。 ライセートの場合、それぞれのタンパクが局在する場所でタンパク質複合体を形成している。その複合体をIPするなら局在が違えば、違うタンパク複合体を形成しているので、IPでは局在が違うタンパク同士ではinteractionは見れない。 このような理屈に思えるのだけど、IPであっても一度lysatesにしてしまうと複合体を形成しない、あるいは外れたフリーのタンパクも存在する可能性があるから、そこは慎重になるべきではあると思います。 お示しの論法は、よわいながらにも示唆的ではあると思います。

(無題) 削除/引用 No.11201-5 - 2023/02/14 (火) 17:53:20 - w その論文を教えてください。的確な答えを得るにはそれが一番早いです。

(無題) 削除/引用 No.11201-4 - 2023/02/14 (火) 16:31:47 - 774R ある程度想像は出来るが、 pull downだってhalo-tagなどを付けたタンパク質を発現させた細胞ライセートで行うこともできるし、co-IPだって、in vitroで精製タンパク質を混ぜて行うことも出来るので、質問者ははっきり書けよということです。

(無題) 削除/引用 No.11201-3 - 2023/02/14 (火) 15:21:54 - G25 内在性のタンパク質を見ているのか、外因性のタンパク質の強制発現でみているのか、 in vivo (あるいは細胞内）の結合を見ているのか、in vitroの結合を見ているのか、 Pull-downだと人工的なタグ付きタンパク質をつかうわけだから、外因性であるか、in vitroなはずですよね。細胞内局在は関係なくなっている実験系になってませんか。 それに対して、co-IPは内因性のタンパク質をみてるんじゃないですか。

(無題) 削除/引用 No.11201-2 - 2023/02/14 (火) 14:53:05 - 774R pull down assayと免疫沈降という説明だけでは、それぞれがどのような実験デザインなのか漠然としすぎですね。 pull down assayも抗原抗体反応を使ってないだけで、本質的にはco-IPと変わらないです。 Inputが何であるかとか、細胞だったらどう処理してるかとか、精製したタンパク質なのかとか、もうすこし具体的に書かないと駄目ですよ。

Pull downと免疫沈降で結果が異なるケース 削除/引用 No.11201-1 - 2023/02/14 (火) 14:26:30 - ECC 論文を読んています。タンパク質AとBの結合を2種類の方法で見ているのですが、解釈がうまくできません。 繰り返しになりますが、AとBの結合を見ています。 論文中では、Pull down assayで検出されるけれども、免疫沈降ではバンドが極めて弱い。従って、タンパク質の局在が違うのではないかという論理になっているのですが、Pull downと免疫沈降の特性を考えると、この論理は正しいのでしょうか。methodsは割愛されすぎていてあまり参考になりません。

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