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(無題) 削除/引用 No.11182-5 - 2023/02/08 (水) 21:04:45 - asan >・3群以上の検定をする際に2群間比較を繰り返してはいけないと言われましたが、閾値のPvalueを厳しく（例えば1%に）すれば問題ないと思っています。T検定ならエクセルの関数でサッとできるのでそれで済ませたいのですが、2群間比較を繰り返すことは閾値の問題以外に何か致命的な問題をはらんでいるのでしょうか。 その理由で、多重検定P値補正をするのがBonferroniやHolm法などの多重比較の考えです。何も考えずに「0.01にすれば少なくとも0.05ぐらいは担保できてるだろう」とかやるのは科学的ではないというだけです。 ・3群以上の検定をする場合、まずANOVAをして有意差のあったものについて事後検定を行うというのを習いました、手持ちの統計ソフトもその流れを汲んだ仕様になっています。しかし、素人考えですが、事後検定を最初から全項目について行えばよいのでは？とも思います。最初にANOVAで絞り込む利点について詳しく知っている方が居ましたら教えていただければと思います。 　 これはあくまで、Anovaでの全群の差に関する F統計量を用いる検定をpos hocで用いる場合があるからです。 多くの場合注目したいのは、全体に差があるかないかではなくて、全体に優位な差がある場合に、どのペアでの差があると言えるかと言う問題なので、結局やってることは多重比較が必要なことが多いです。しかし、多重比較は単純にやると条件が多くなる程条件が厳しくなりすぎてそもそも有意差をとることが難しくなるので色々”とトリック”的なことを使って科学的に妥当な結論を導く範囲の多重比較で示すことがバイオの世界では結構行われてます。 細かい議論は以下の記事を読めばイメージはわかると思います。 https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu/51/7/51_483/_pdf 実際には、学術的に意味があるかないかを示すことが目的なのでレビューワーも統計の専門家でもなく、またそこに数学的厳密性まで求めてるわけでないことも多いので結構主観で複数データから科学的に妥当な結論が出ており、統計的にやってればOKとなってしまうことが多いのです。その意味で、「多重比較ならANOVAやってpos hocをやる」と機械的に認識してる相手なら、やってもやらなくてもいい処理ならとりあえずやっとけば誤解されて変に文句は言われないからやって損はないとやる人が多いってだけな気がします。

(無題) 削除/引用 No.11182-4 - 2023/02/08 (水) 18:54:26 - 　GBふ 物事の順序として、まず何も事前情報がない白紙状態で、３群なりそれ以上の群数のまとまったデータが目の前にあると思ってください。そもそもそれらの間の有意差を検定すべきものか、それとも（差などないので）するそんなんもんする必要がないのかわかりません。なのでまず検定したい対象のどれかしらの群の間で有意差があるのかどうか（つまり個々の群間で有意差の検定をする意味があるかどうか）をANOVAで検定します。で、有意差ありとなったとします。ANOVAでは、どれとどれの間に有意差があるかまではわかりません。なので次に、では、どの群とどの群の間に有意差があるのかを知るために多重比較で検定もしくは補正を行います。 初めからどの群とどの群を比べたいということが決まっているボンフェローニ補正のような場合はANOVAはしません。仮にANOVAがどうであれ、検定することにしてるわけですから。 ３群間以上の群間比較ならば多重比較は求められますし、methodに使用した検定法を記載するのでしてないとわかります。そもそもうちらみたいな体系的に統計を勉強したことのない素人でも知ってるので生命科学のデータ処理では一応基本的なことと思います。多群間比較で多重比較をしたくない理由はなんでしょうか。たぶん一番汎用性の高いであろうボンフェローニ補正ならばp値さえ算出できれば簡単な手計算で５分もあれば終わるような作業ですが、それも嫌ですか。

(無題) 削除/引用 No.11182-3 - 2023/02/08 (水) 15:58:40 - ななし 閾値の問題ではないです。 例えばMean±SDで下記のデータがあったとします。 A:100±10, N=10 B:10±0.1, N=10 C:9±0.1, N=10 この時、T検定ではどの組み合わせでもP<0.001の有意差つきます。 一方でANOVA+TukeyではA vs BとA vs Cは有意差つきますがB vs Cにはつきません。 これはBとCの差はAとの差に比べて小さいため本来は無視出来るのに、T検定ではBとCとの関係しか見ないため差を検出できてしまうのです。

(無題) 削除/引用 No.11182-2 - 2023/02/08 (水) 11:16:27 - おお > 3群以上の検定をする際に2群間比較を繰り返してはいけないと言われましたが、閾値のPvalueを厳しく（例えば1%に）すれば問題ないと思っています。 単に小さくしたらいいというのは問題ないという根拠が乏しいですが、、、 一応計算方法があって、２群間比較が２つある場合は0.05を閾値として設定したとき、0.025が有意水準にするというのがあります。n個比較があればnで割るということになります。一緒のことなのですが有意水準の閾値を0.05で固定したほうがわかりやすいのでp値をn倍していることのほうが今は多いです。これがボンフェローニ゙の計算方法です。 またこの計算方法を改良したホルム＝ボンフェローニ法とかもあります。比較の数が多くなるとFDRを使うこともあります。

3群以上の検定について 削除/引用 No.11182-1 - 2023/02/08 (水) 10:39:22 - KH 統計解析の質問です。 ・3群以上の検定をする際に2群間比較を繰り返してはいけないと言われましたが、閾値のPvalueを厳しく（例えば1%に）すれば問題ないと思っています。T検定ならエクセルの関数でサッとできるのでそれで済ませたいのですが、2群間比較を繰り返すことは閾値の問題以外に何か致命的な問題をはらんでいるのでしょうか。 ・3群以上の検定をする場合、まずANOVAをして有意差のあったものについて事後検定を行うというのを習いました、手持ちの統計ソフトもその流れを汲んだ仕様になっています。しかし、素人考えですが、事後検定を最初から全項目について行えばよいのでは？とも思います。最初にANOVAで絞り込む利点について詳しく知っている方が居ましたら教えていただければと思います。

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