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(無題) 削除/引用 No.11165-5 - 2023/02/02 (木) 11:55:40 - Tabasco >[Re:4] おおさんは書きました : > https://useast.ensembl.org/Xenopus_tropicalis/Gene/Compara_Ortholog?db=core;g=ENSXETG00000042472;r=9:87970817-88003223 > > ensemblで一つづつなら見れなくもないですがInformaticsやっている人ならうまく全部引き出せるのかもしれません。 > と思いつつぐぐってみたら、 > > https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/dbOrtho.php > こういうのがありますね。 ありがとうございます！自力でこれにたどり着くことができませんでした。これをつかってやってみます！

(無題) 削除/引用 No.11165-4 - 2023/02/02 (木) 04:45:49 - おお https://useast.ensembl.org/Xenopus_tropicalis/Gene/Compara_Ortholog?db=core;g=ENSXETG00000042472;r=9:87970817-88003223 ensemblで一つづつなら見れなくもないですがInformaticsやっている人ならうまく全部引き出せるのかもしれません。 と思いつつぐぐってみたら、 https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/dbOrtho.php こういうのがありますね。

(無題) 削除/引用 No.11165-3 - 2023/02/02 (木) 04:18:19 - Tabasco >[Re:2] おおさんは書きました : > それはテクニカル（どのサイトでマウスの遺伝子リストに変換できるかなど）なことを聞きたいのか、研究のアプローチとしての話なのかどちら何でしょうか？後者なら制限される事ではないと思います。 ご回答ありがとうございます。 テクニカルに変換できるサイトや対応表などがあれば知りたくて質問しましたが、 もしでてきたDEGをXenopusのgene symbolのままエンリッチメント解析することができるならその方法が知りたいです。 論文をみているとマウスオーソログで行っているものがおおいので、その方が機能もよくわかっていて結果が出やすいのかと思いました。

(無題) 削除/引用 No.11165-2 - 2023/02/02 (木) 03:28:25 - おお それはテクニカル（どのサイトでマウスの遺伝子リストに変換できるかなど）なことを聞きたいのか、研究のアプローチとしての話なのかどちら何でしょうか？後者なら制限される事ではないと思います。

エンリッチメント解析について 削除/引用 No.11165-1 - 2023/02/02 (木) 03:17:00 - Tabasco Xenopus laevisのRNAseqで抽出下DEGを マウスオーソログに変換してMetascapeやDavidで エンリッチメント解析する方法はありますか？

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