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ポアソン分布 削除/引用 No.11148-4 - 2023/01/28 (土) 23:56:39 - 散々 ポアソン分布については、以前、この掲示板で教えてもらった この論文が分かりやすい。 PCRの検出限界に関する理論的考察 鈴木淳 血液センター向け情報誌Technical Information 137 1-5, 1997

(無題) 削除/引用 No.11148-3 - 2023/01/28 (土) 23:42:12 - 散々 >この抽出産物が100gの検体から得られたものだったら、サンプルにおける定量限界は、1コピー/gと言うことで良いのでしょうか？ その考え方で正しいです。 増えることが前提の分子生物研究でのPCRと、陽性を見つけるための臨床検査でのPCRとでは考え方が異なる。 にもかかわらず、ちょっと分子生物学をかじってPCRを知ったつもりの者がPCR検査について発言するので、臨床現場で混乱をきたしました。 PCR検査では、出発の検体量を揃えるか、量を計って換算して、核酸のマテリアルバランスを計算することでしか核酸濃度を定量できないのに、新型コロナのウイルス検査ではインプットの唾液量を揃えもせずに、Ct値が、なんて無意味な議論を引き起こしました。 PCRの検出下限界(LOD)を計算するには、プロビット値を用います。 この方の一連のツイートがわかりやすいです。 https://twitter.com/uwemon/status/1292869184238436354

(無題) 削除/引用 No.11148-2 - 2023/01/28 (土) 04:26:51 - おお >この抽出産物が100gの検体から得られたものだったら、サンプルにおける定量限界は、1コピー/gと言うことで良いのでしょうか？　 Publishされている文献を見てなにか流儀みたいなものがないのか、比較できるのか、今後のあなたの実験でその単位で支障なくデーターを出せるのか、ラボの流儀はどうなっているのか。その単位でサンプルの中のコピー数がちゃんと把握できるのか、そんなポイントを掴んで単位を決めればいい。 >100gの検体から....1コピー/g 確かにわかりやすい単位の決め方です。抽出効率をどう捉えるのかはあまり問題視してないということでよろしいでしょうか。 >(例:定量限界値が1000コピー/mlなのに定量された濃度は500コピー/mlとか。もちろんct値は35または40以下) 検出限界付近では値がノイズに飲み込まれて上下に振れることは定量ではつきまとうところです。たとえば他の定量などでも、ものがないときに必ず０と出ますか？別に出た数値はそのまま使って構わないです。検出限界付近の数字はそのあたりでブレるのは当たり前だしそれをふまえた数字であることは誰でもわかります。 特に１ulに１コピーとかになると５ulの中に必ず５コピーってありえないでしょう。もっと極端に２ulとったとして、２コピー入っていることもあれば３コピーだったり、最悪０コピーのこともあるかもしれないPCRの場合はそういう要因のブレもかなり影響が出る場合があります。

定量PCRの定量限界について 削除/引用 No.11148-1 - 2023/01/28 (土) 03:04:38 - Haavtn 　環境や生物検体中の遺伝子をターゲットにした定量PCRを行なっています。 PCRの検出系自体の定量限界は、スタンダードを希釈し、どこまで定量できるかで決定するのは分かります。 例えば、スタンダード5コピーまで定量できました。 抽出産物の全量は100μlで、そのうち1wellには5μlアプライした場合、そのテンプレートの中に5コピーはないと測れない、 すなわち、100μlの抽出産物の中に100コピーのターゲットがないと測れないことになりますよね？ では、この抽出産物が100gの検体から得られたものだったら、サンプルにおける定量限界は、1コピー/gと言うことで良いのでしょうか？　 定量限界の濃度を知りたいとなると、/gや/Lで表記すると思いますが、この出し方で良いのでしょうか？ 　また、実際測ってみると理論上の定量限界値よりも低い濃度のものが測れてきたりします。 (例:定量限界値が1000コピー/mlなのに定量された濃度は500コピー/mlとか。もちろんct値は35または40以下) この場合、測れてきた値はどう解釈したら良いのでしょうか？ また、論文とかで定量限界を示すのに、結果のデータが定量限界より低いっておかしいのではないでしょうか？ 　始めたばかりで分からないことがばかりなのですが、教えていただけますでしょうか？ よろしくお願いします。

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