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免疫沈降で使える抗体、使えない抗体の違い トピック削除
No.11147-TOPIC - 2023/01/27 (金) 15:25:18 - Optima
組織内にあるとあるタンパク質を免疫沈降で回収しようと思っています。
そのタンパクを認識するポリクローナル抗体はウェスタンブロットおよび免疫染色ではしっかりワークしているので、免疫沈降でも使えるかなと考え、dynabeads と抗体をくっつけて、免疫沈降を施行したが、何も取れませんでした。

市販の抗体で免疫沈降で使える抗体(ex FLAGなど)と使えない抗体に分けられると思いますが、その本質的な違いは何ででしょうか。またそれについて調べている論文などあれば、教えていただきたいです。
 
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(無題) 削除/引用
No.11147-3 - 2023/01/27 (金) 23:10:14 - vgbh
抗原蛋白質が天然状態において抗体の認識部位が表面の方に位置していて、かつその周辺の構造が抗体のアクセスを邪魔しないこと(抗体はとても大きな蛋白質なのでこれ重要)と抗体と抗原の親和性が十分に大きいこと(Kd値が十分に小さいこと)だと思う。
モノクロだと認識部位1つなので、もしそこがハズレだと終了だけど、ポリクロなら複数箇所の認識部位があるから、そのうちどれかしら当たれば使える可能性はある。本当の免疫沈降するならばモノクロは沈降するような大きな免疫複合体を作れないので、ポリクロつかう事になる。ビーズとかでキャプチャーするならば、抗体が使えることが確かならばモノでもポリでもいける。

(無題) 削除/引用
No.11147-2 - 2023/01/27 (金) 15:38:20 - おお
抗体はバリエーションも大きいしタンパクもそれぞれなのでひとくくりにいえません。

デタージェントとの相性、
そのタンパクが複合体のなかで、外にろしゅつしてない(少なくとも抗体が認識しそうなぶぶんが)
立体的構造などにより抗体が反応しにくい。

など

免疫沈降で使える抗体、使えない抗体の違い 削除/引用
No.11147-1 - 2023/01/27 (金) 15:25:18 - Optima
組織内にあるとあるタンパク質を免疫沈降で回収しようと思っています。
そのタンパクを認識するポリクローナル抗体はウェスタンブロットおよび免疫染色ではしっかりワークしているので、免疫沈降でも使えるかなと考え、dynabeads と抗体をくっつけて、免疫沈降を施行したが、何も取れませんでした。

市販の抗体で免疫沈降で使える抗体(ex FLAGなど)と使えない抗体に分けられると思いますが、その本質的な違いは何ででしょうか。またそれについて調べている論文などあれば、教えていただきたいです。

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