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(無題) 削除/引用 No.11139-12 - 2023/01/26 (木) 08:56:40 - ぽー 核の染色は何でされているでしょうか？ DAPIやヘキストだと核内の染色体（DNA）が染色されているので、核膜タンパク質と共染色してみてはどうでしょう？

(無題) 削除/引用 No.11139-11 - 2023/01/25 (水) 14:45:44 - おお FLAGで解像度が落ちると言うのがよくわかりませんが、、、 顆粒状に見えてマイクロソームかもって言う感じでしょうか？ゴルジから核膜に移行しようとしている、あるいはその逆の小胞とか言う可能性はあるのかな？ 例えば https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/e6782 N末にシグナルペプチド配列がありそうですか？

(無題) 削除/引用 No.11139-10 - 2023/01/25 (水) 12:59:53 - toto そこにはDNAがあるのですか？Dapiなどで染めたとき。

(無題) 削除/引用 No.11139-9 - 2023/01/25 (水) 12:30:07 - 馬 Google検索からは、ゴルジはどちらかというとdot patternが多く、ERは核周囲に広く存在するので、今回の像とは違う気もするのですが、完全に共局在する保証もないですし、マーカーによっても違うので、なんとも言えないですね。 CMVで共発現させたら、ERやgolgiに負担がかかりそうですよね。。。 そういうartifactを見ているだけなのか、、、、 Flagも進めているのですが、解像度が少し落ちるんですよね。

(無題) 削除/引用 No.11139-8 - 2023/01/25 (水) 12:21:08 - ああ 融合タンパク質は、変な凝集を作ることもあるので、小さなタグでもチェックできるといいですね。とりあえず、emblのGFP融合タンパク質の局在写真データベースに、似たようなものがないか確認されたらいかがでしょうか。 同じような局在なら、オルガネラの想像がつくかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.11139-7 - 2023/01/25 (水) 11:59:26 - asan 局在情報が免疫染色だと顕微鏡の解像度やGFPタンパク質のアーティファクトもあり得るのでね。それにこだわる目的があって、詳細に知りたいというなら各オルガネラのマーカーとかとの共局在を解像度のいい顕微鏡でしっかり評価するとか、生化学的な方法でフラクショネーションしてみるとか色々アプローチはあると思いますけど。 核外の周辺っていうなら普通はERやゴルジとかイメージしますね。各周囲に張り付いてるならヘテロクロマチンが核周縁部に局在したりするのでそういうヒストン構造に関連するタンパク質という場合もあるのかもしれませんね。 局在情報にこだわるならGFPの影響とかもありそうなので、エンドの抗体探して同様なのかとかその他の種類の細胞でも同様の局在が得られるのかなど多角的に評価してみるべきでは？

(無題) 削除/引用 No.11139-5 - 2023/01/25 (水) 11:20:35 - roko 昨年のNature method論文で Self-supervised deep learning encodes high-resolution features of protein subcellular localization 既知のタンパク質の局在情報のデータベースから、細胞内局在のパターンを深層学習したデータベースを作成した。単なるオルガネラ局在だけでなく、細胞質局在でも、様々なパターンに振り分けたりできているらしいです。 目的タンパク質の局在パターンから結合するタンパク質を予測するというプログラムを作った論文のようです。 そのデータベースはGithubで公開されているので、プログラミングに長けていれば自分で、そのタンパク質を似たタンパク質を探せるかも。 もしくは、著者に連絡とって、聞いてみるなり。

(無題) 削除/引用 No.11139-4 - 2023/01/25 (水) 10:51:26 - おお 配列とか結合しているものとかの情報はないのかな。

(無題) 削除/引用 No.11139-3 - 2023/01/25 (水) 09:31:55 - おお centrosomeってことはあるかなあ。あるいはそこから伸びているもの

(無題) 削除/引用 No.11139-2 - 2023/01/25 (水) 08:59:35 - おお ゴルジとか？ abcam.com/giantin-antibody-9b6-golgi-marker-ab37266.html semanticscholar.org/paper/Golgi-positioning.-Yadav-Linstedt/51cadb6e2abc5c9f04da3dc701bc5ed712ef9dc3

タンパク質の奇妙な局在パターン 削除/引用 No.11139-1 - 2023/01/25 (水) 08:44:07 - 馬 あるタンパク質の局在を調べたところ、核周縁の特徴的な領域に特化して発現していることがわかりましたが、この発現パターンを調べても、また周囲の方に聞いても、パッとした答えが返ってきません。この1ヶ月もがいていて進展がありません。何かヒントをいただければという思いで投稿させていただきます。 具体的な話を以下に書きます。 スクリーニングで取れてきた遺伝子にGFPをくっつけて、まずは癌の培養細胞での局在を見ました。癌細胞の特徴として、核の形が歪なことが挙げられ、時として、馬蹄形の形状やbowlの形状をするのですが、それらのくぼみの部分に強く発現しています。核周縁全体ではなく、この領域に特化しているのですが、何かに特徴的なパターンなのでしょうか。 検索ワードが悪いのか、核心的なパターンを言い当てられません。さすがに、誰か調べているのではと思っているのですが。。。 馬蹄形の核に関しては、monocyte horseshoeなどで検索すると出てきて、この形自体は、癌や一部の正常細胞で見られるパターンだと思っています。

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