Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

qPCRについて トピック削除
No.11130-TOPIC - 2023/01/20 (金) 13:09:38 - s
薬剤処理して、発現がほぼなくなって、qPCRでdetectされないレーンがでたときの処理と計算はどうしていますか?
(ex1. target gene CT値:36,undetectable, 37の場合は 2つを採用して37.5にする。)
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.11130-4 - 2023/01/23 (月) 04:06:52 - s
みなさま

ご回答ありがとうございます。
参考にさせていただきます。

(無題) 削除/引用
No.11130-3 - 2023/01/20 (金) 19:10:52 - おお
薬剤処理の濃度、時間などをふって、検出できる所でやれば良いかも。ただしすべてのデーターはなんらかの形で示しておいた方がいい。mRNA精製とかRTをスペしフィクプライマーにするとかで検出感度が上げられるかも知れないが、そこまでやることなのかとも思うが数値が出る可能性はある。

あるいは相対的な量にして、n=3なら一つ一つの数値をバーグラフに示し、検出限界以下のものは0とした上で、NDと明記する(ctの数値の表でもいいかも)。こう言うデーターによる統計処理は従来の統計的検定の趣旨から外れていて、再現性をいかに表現するかと言う道具として使われているとも言えるので、3つとも検出限界付近で明らかに発現が(ほぼ)なくなったと言えるなら検定とかやるまでもないと言えると思う(そうれでもやれと言う人はいるかも知れないが)。

コントロールのCt値プラスアルファのサイクル数で電気泳動してそのイメージを示す。それだけで良いと思うが、薬剤処理のレーンはコントロールのバンドの位置のデンシドで数値を出すことができるので数値に基づく統計処理はできる。

(無題) 削除/引用
No.11130-2 - 2023/01/20 (金) 18:01:49 - seventh
可能ならinputRNA量を増やして安定して増幅されるレンジに合わせる。
無処理の希釈系列を作ってどの程度の濃度まで相関しているか検量線で確認して、その下限以下であると示す。

定量可能レンジ外っぽいので数値が出たとしても信用できません。

qPCRについて 削除/引用
No.11130-1 - 2023/01/20 (金) 13:09:38 - s
薬剤処理して、発現がほぼなくなって、qPCRでdetectされないレーンがでたときの処理と計算はどうしていますか?
(ex1. target gene CT値:36,undetectable, 37の場合は 2つを採用して37.5にする。)

4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。