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(無題) 削除/引用 No.11091-3 - 2023/01/04 (水) 11:10:41 - 3 挙げられた3つのタンパク質はいずれも高い頻度でコンタミナントとして同定されてくるものです。これらはMassの分析より以前に、器具や空気中の微細なホコリ（静電気などで付く）、毛髪、皮膚、衣類などから、そこに行くまでの検体を得る過程ですでに混入しますので、技術者の方の責任ではありません。これらは、特にケラチンの混入を防ぐのは（管理された専用のクリーンルームで人の手を介さずに全ての作業が完結するような高度な特別な設備とかあればもしかすると可能なのかもしれませんが、そういうものを通常の研究機関で望むのは）現実的には困難です。ですので対照群と比較して、対照群にもこれらに由来するペプチドが検出されれば一応コンタミナントと判断できますので検討ください。またmassのデータだけで判断するのではなくmassで研究対象となる候補を見つけて、それをwestern blottingするなどで多角的に検証、評価するという感じが本来の進め方かと思います。。

(無題) 削除/引用 No.11091-2 - 2023/01/03 (火) 17:53:10 - pa 自分のわかるもので２つ、メジャーなコンタミタンパク質のリストがあります。MaxQuantに含まれているものと、cRAPという名前のものです。ざっと見た限り、お示しのタンパク質は含まれていないようなので、少なくともよくあるコンタミとはみなされていないといってよいのかなと思います。よろしければご確認ください。 https://www.thegpm.org/crap/ http://www.coxdocs.org/doku.php?id=maxquant:start_downloads.htm 一つ参考のために試せることとして、proteomicsのローデータのレポジトリに同一か類似の材料のデータがあれば、同じデータ処理を行ってみて、それらのタンパク質が同定されるかどうか見てみるのもよいと思います。ProteomeXchangeというレポジトリがあります。 コンタミとは別の話ですが、タンパク質同定のリストには誤同定は一定の頻度で含まれますので、気になるたんぱく質についてはPSMなど確認して、信頼度の高い同定かどうか見てもらうのもよいと思います。 全体的に、わかる情報の範囲での無責任な印象としては、これらはコンタミではない可能性は十分あるかなと考えます。 個人的な関心で、よろしければ教えていただけるとありがたいのですが、どういった点にコンタミを気にしてない印象をもたれたのかなというところです。何か気になる扱い方があったのか、普通のサンプルの扱い方で特に注意深くはなかったとか。

Mass spectrometryのコンタミ 削除/引用 No.11091-1 - 2023/01/02 (月) 16:42:45 - ３ Mass spectrometryでケラチンのみならず、デスモグレインやプラコグラビン等の皮膚系のタンパク質が散見されます。アクチン関連タンパク質なので、検出されてもいいのですが、コアユニットの技術者がコンタミをあまり気にせずに、扱っているので、コンタミなのではないかとも疑っています。 情報を調べてもケラチンやBSA以外ははっきりしないのですが、どなたがご経験のある方はいらっしゃらないでしょうか。

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