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RNA-seqについて トピック削除
No.11074-TOPIC - 2022/12/27 (火) 14:19:43 - s
薬剤処理したものとしていないものをRNA-seqにかけて、
薬剤処理して下がった遺伝子Aに着目し、
試しにウエスタンで確認したところ発現が逆に上がっているということは
あり得るでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.11074-7 - 2022/12/28 (水) 12:16:00 - s
おおさま

ご回答ありがとうございます。
やはりRNA-seqの評価は注意が必要なんですね。
参考になりました。

(無題) 削除/引用
No.11074-6 - 2022/12/28 (水) 09:10:19 - おお
それもあっても驚かないですね。
そう言う事が起こらない裏付けがあるなら、RT -qPCRのvalidation をやる必要はないですよね。

standardization のやり方も違うわけだし、見え方も変わってくるでしょうし、RNAseqとRTーqPCRどちらも完璧なやり方かと言うと、そうとも言えない。

(無題) 削除/引用
No.11074-5 - 2022/12/28 (水) 08:58:15 - s
みなさま

ご回答ありがとうございます。
参考になりました。
ちなみに、ウエスタンだけでなく
q-PCRの結果がRAN-seqの結果と一致しないこともありえるでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.11074-4 - 2022/12/27 (火) 16:38:23 - おお
そう言う結果になるであろう理屈はいくらでもつけられますので、後はそう言うのを検討すれば良い。
一例として、タンパクの安定性が上がったため、ネガティブフィードバックがかかったとか。
https://www.nature.com/articles/srep17851

(無題) 削除/引用
No.11074-3 - 2022/12/27 (火) 15:33:56 - み
薬剤が標的蛋白の分解抑制にも効いていたら増加しているように見えるデータが得られるかも
翻訳が促進されてmRNAは速やかに分解された場合は?

可能性はある 削除/引用
No.11074-2 - 2022/12/27 (火) 15:07:26 - 774R
mRNA量=タンパク量 ではないので。

RNA-seqについて 削除/引用
No.11074-1 - 2022/12/27 (火) 14:19:43 - s
薬剤処理したものとしていないものをRNA-seqにかけて、
薬剤処理して下がった遺伝子Aに着目し、
試しにウエスタンで確認したところ発現が逆に上がっているということは
あり得るでしょうか?

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