Bio Technical フォーラム

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qPCRについて トピック削除
No.11026-TOPIC - 2022/12/10 (土) 06:48:45 - 半人前
質問失礼いたします。
当方qPCRを行う際、腎臓のサンプルをキットにてRNAに処理後、それをcDNAにしてqPCRを行っているのですが、cDNAにする際のRNAの濃度がサンプル毎に違うと(例えば2倍くらい違う)qPCRの際の結果も大きく変化するのでしょうか?
RNAの濃度がどうしてもブレが生じてしまうので気になり投稿させていただきました。
ご教示のほど何卒よろしくお願い申し上げます。
 
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No.11026-4 - 2022/12/13 (火) 17:13:14 - asan

理論上はノーマライズすれば大丈夫というのが原理で、実際ダイレクトにTrizolなどにソーティングしてそのまま全量でqPCRやDNAを全量用いてその後のcDNAライブラリーの作成やPCR等をするプロトコールは普通にあります。基本的には精製キットで推奨されてる以上の大過剰処理下とかじゃなければ理論上はダメというほどではないと思います。

ただ、ぶれる可能性がないわけでもないので、できるだけ揃えておいた方がデータの信頼性は増すと思います。とくに組織由来のサンプルみたいな雑多なポピュレーションの場合ノーマライズに使用するものに何を選んだらいいか、というのは結構難しい問題でもあるので、全体量があらかじめだいたい揃ってるものを用いてる、という前提があった方がデータの解釈に信頼が持てる、というのはあると思います。  

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No.11026-3 - 2022/12/13 (火) 03:29:42 - 半人前
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.11026-2 - 2022/12/10 (土) 09:53:34 - おお
だいたい揃えておいたほうがベターではあります。
Oligo dTやランダムプライマーとRNAの比が変わりますので濃度が極端に違うとバイアスがかかる可能性があります。RNA精製時に微量ながら持ち込まれるものの影響も変わってくるだろうし。ただ2倍以下なら許容範囲かもしれませんね。

qPCRについて 削除/引用
No.11026-1 - 2022/12/10 (土) 06:48:45 - 半人前
質問失礼いたします。
当方qPCRを行う際、腎臓のサンプルをキットにてRNAに処理後、それをcDNAにしてqPCRを行っているのですが、cDNAにする際のRNAの濃度がサンプル毎に違うと(例えば2倍くらい違う)qPCRの際の結果も大きく変化するのでしょうか?
RNAの濃度がどうしてもブレが生じてしまうので気になり投稿させていただきました。
ご教示のほど何卒よろしくお願い申し上げます。

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