Bio Technical フォーラム

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RNA-seqにつきまして トピック削除
No.11002-TOPIC - 2022/12/01 (木) 06:42:55 - s
ある一つの遺伝子をクリスパーでノックアウトし、そのノックアウト細胞とコントロース細胞の
RNA-seqを行ったところ、その遺伝子の差がありませんでした。
ウエスタンではノックアウト細胞のバンドはありません。
ノックアウト細胞ではその遺伝子のフレームシフトが起きているだけなのでRNA-seqでは
発現しているようにデータがでるのでしょうか？
　
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(無題) 削除/引用
No.11002-3 - 2022/12/01 (木) 11:56:55 - s
おお様

ご返事ありがとうございます。
同じ解釈なので安心いたしました。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.11002-2 - 2022/12/01 (木) 08:21:33 - おお
壊した部分や、そのために起こるRNAの配列にもよるでしょうけど、RNAは発現しているけどタンパクは合成できないということは起こると思います。その遺伝子の転写のためのプロモーターやエンハンサー、それにTranscription start siteが壊れてないのだから転写自身には影響がないわけですし（Exon領域にエンハンサーがあるような例外を除く）。

RNA-seqにつきまして 削除/引用
No.11002-1 - 2022/12/01 (木) 06:42:55 - s
ある一つの遺伝子をクリスパーでノックアウトし、そのノックアウト細胞とコントロース細胞の
RNA-seqを行ったところ、その遺伝子の差がありませんでした。
ウエスタンではノックアウト細胞のバンドはありません。
ノックアウト細胞ではその遺伝子のフレームシフトが起きているだけなのでRNA-seqでは
発現しているようにデータがでるのでしょうか？
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