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(無題) 削除/引用 No.10967-2 - 2022/11/18 (金) 02:31:31 - NGS 検索したらこのようなコンバーターが見つかったのですが、これはBEDファイルなどを一括で変換してくれるもののようですね。 https://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/AssemblyConverter 今やりたいのは、論文のSupplemental Tableで公開されている、遺伝子名と遺伝子内の相対ポジションしか掲載されていないデータをどうにかGRCh38に変換できないかな、という話なんですが、それはやっぱり難しい感じでしょうか…？？

GRCh37から38への変換 削除/引用 No.10967-1 - 2022/11/18 (金) 01:52:53 - NGS 次世代シークエンスを用いたグローバル解析などで、多少古いものですとヒトゲノムデータベースとしてGRCh37を使っていることがあると思います。 新しく行った解析でGRCh38を用いた場合、ポジションの番号がかなり違ってくるかと思うのですが、直接比較する際はこれがネックになり、同じ遺伝子でも単純な比較が困難になってしまいます。 （例えば「染色体○番にある遺伝子で、XXX番目の塩基が修飾されている」とあっても、番号と塩基の対応関係が違うということですね、言うまでもない話ですが…） 古いデータが、遺伝子のポジション（NM_0012345の、XX番）しか表記されていないデータしかないような場合、これをGRCh38における番号へと変換する方法はどのようなものがありますでしょうか…？ このあたりの解析に精通されている方、ご教示いただけると幸いに存じます。

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