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(無題) 削除/引用 No.10961-3 - 2022/11/16 (水) 18:41:49 - asan それだと、そもそも未知のタンパク質がDNAに結合するとする前提となる根拠がどこにあるかというのが1点。 ＞例えば転写因子とかなら、ノックアウトした時にRNAseqなどで下流遺伝子の発現変動などである程度影響がある遺伝子群があるなどのデータを詰めてから具体的なChip-seq等の機能解析を議論してもいいかもしれない。 ポジコンネガコンを具体的に議論はできなくても、絶対結合しない（と思われる）領域のPCRなどをすることでバックグラウンドノイズをただ拾ってるだけなのかどうかぐらいは評価できるのではないかと思う。 何も考えずにただDNAに結合する可能性があるからとりあえず見切りでChip-seqをやっても結論をだすのはむずかしいのでは？と個人的には思う。(結局はS/Nの話なので。もちろん特定のピークだけが強く出ればいいけどそんな特徴的なものである可能性があるならRNAseqとかやればよくね？って思う）

(無題) 削除/引用 No.10961-2 - 2022/11/16 (水) 17:20:23 - おお ChipのフラクションのDNAをベクターにライげーションするなりして、数十クローンほどシーケンスしてみてはどうか。

ポジコンのないChIP-seqについて 削除/引用 No.10961-1 - 2022/11/16 (水) 10:48:36 - BOWker 遺伝子Xの培養細胞を用いたChIP-seqを検討しています。 抗体はIPできるものがありますが、下流遺伝子が1つも知られていない分子なので、回収したDNAがちゃんとIPして精製できたかわかりません。 H3K27acなど使用すれば操作のポジコンにはなりますが、遺伝子XのIPのポジコンが無いとその先の次世代シークエンサーにいくまでに不安です。 何か良い方法ありませんでしょうか？

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