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ありがとうございました 削除/引用 No.1095-6 - 2012/11/05 (月) 18:02:54 - Passo 皆さん、ご回答どうもありがとうございました。 共通配列がたまたま最もノックダウン効率が高い訳ではないというご指摘、ごもっともです。 やはり地道に一つずつ設計して、組み合わせも含めて効果をきちんと確認することにします。

(無題) 削除/引用 No.1095-5 - 2012/11/05 (月) 11:05:11 - ~ まずは、各遺伝子についてshRNA配列を計算し、 その配列が他の遺伝子にも存在すれば、その配列を優先して試してみてはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1095-4 - 2012/11/03 (土) 04:12:44 - KY 初心者であれば、確実に一つづつノックダウンできるshRNAを作成していった方がいいです。 そもそもファミリーだとしても異なる３種類の遺伝子内に、完全に一致する２０bpってあまりないと思います。あっても、たまたまそこが最もノックダウン効率が良いサイトである可能性はかなり低いでしょう。 一つづつ作成して、たまたま他もノックダウンできちゃったとかならいいですけどね。

(無題) 削除/引用 No.1095-3 - 2012/11/02 (金) 22:35:16 - おお やってみないと分からない部分も多いかと思いますが、タンデムに3っつつなげたようなコンストラクトもありました。見る実験系で発言量がおおい遺伝子がどれかも考慮したらどうでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1095-2 - 2012/11/02 (金) 20:38:08 - Harmonia ＞ ３つの遺伝子の共通配列みたいなところを狙ってその配列でshRNAをデザイン ＞ 欲張らずに３つなら３つそれぞれデザインして同時にトランスフェクション １配列で３遺伝子をノックダウン配列と、それぞれの遺伝子ごとの配列がすで にあって、どっちを使うという質問なら、金額問題に還元することもできます が、いまから配列を探すのですよね？ ノックダウン効果がある配列はやってみないとわからないと思うので、どっち が、手に入るかはわかりません。 そこで、 ・目的遺伝子をノックダウンしたのだという主張ができるタマ、 ・特に一つの配列で複数遺伝子をノックダウンしたなら、一つの配列で１遺伝 　子をノックダウンしたときよりも強く主張できるタマ、 を十分に考えておくことがだいじだと思います。

同じ機能を持つ複数の遺伝子の同時ノックダウン 削除/引用 No.1095-1 - 2012/11/02 (金) 18:54:08 - Passo プラスミドベースでノックダウン実験をするため、shRNAを設計しております。 機能欠損させたいとあるタンパク質が３つの異なる遺伝子にコードされているのですが、どれか一つを始めから絞るとcompensationとか起こりそうで、いっそ３つとも一度に落とせないかと考えております。 shRNAは全く初心者なので初歩的な質問で大変恐縮ですが、この場合３つの遺伝子の共通配列みたいなところを狙ってその配列でshRNAをデザインすれば良いということでしょうか？ それとも欲張らずに３つなら３つそれぞれデザインして同時にトランスフェクションした方が効率的でしょうか？ あと、市販のキットなど使うとすればどのメーカーのが使いやすいか、情報を頂けるととても助かります。

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