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任意の二本鎖DNAの立体構造
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No.10949-TOPIC - 2022/11/11 (金) 11:41:35 - qq
任意の塩基配列の二本鎖DNAの立体構造を推定するソフトウェアやwebサービスをお知りであれば、お教えください。
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No.10949-6 - 2022/11/22 (火) 11:17:54 - qq
Winter-8様
Xiaoのページのサービスを使ってみました。
二本鎖DNAをどのように入力するのか分からなかったので、ヘアピンの相補配列でできている一本鎖DNAを入れると、ちょっと時間がかかったけれど、結果が吐き出された様子でした。
このモデル分子に結合する低分子化合物をスクリーニングするようなことを考えています。
(無題)
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No.10949-5 - 2022/11/18 (金) 16:30:12 - qq
Winter-8様
XiaoLabのWPのご提示ありがとうございます。
2次構造などちょっと理解できないところがあるのですが、やってみます。
(無題)
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No.10949-4 - 2022/11/18 (金) 13:26:49 - WInter-8
>ちょっとよく理解できなかったのですが、簡単に分子モデルを構築することは難しいというこ>となのでしょうね。
Ggrさんのリンク先をちゃんと読めば、プログラムが書いてあります。
3dRNAから派生した3dDNAというプログラムを開発したという論文です。
著者らはウェブ上で構造予測できるようなサイトを作ってくれています。
ttp://biophy.hust.edu.cn/new/3dRNA/create
こちらを使えば良いのでは?????
(無題)
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No.10949-3 - 2022/11/11 (金) 21:00:48 - qq
Ggrさま、文献を拝見しました。ありがとうございます。
ちょっとよく理解できなかったのですが、簡単に分子モデルを構築することは難しいということなのでしょうね。
(無題)
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No.10949-2 - 2022/11/11 (金) 11:59:37 - Ggr
ttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36144680/
任意の二本鎖DNAの立体構造
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No.10949-1 - 2022/11/11 (金) 11:41:35 - qq
任意の塩基配列の二本鎖DNAの立体構造を推定するソフトウェアやwebサービスをお知りであれば、お教えください。
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