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(無題) 削除/引用 No.10906-12 - 2022/10/31 (月) 03:36:52 - ER 非常にわかりやすかったです！ ご丁寧にありうございます！

(無題) 削除/引用 No.10906-11 - 2022/10/31 (月) 03:00:44 - おお https://www.cureus.com/articles/17968-evaluation-of-splicing-on-x-box-binding-protein-transcript-in-tissue-samples-of-colorectal-cancer Fig 1b usXBP1の図の赤と青の部分が残り、真ん中の部分が抜けます。赤の所にfw、青の所にrvを設定すれば、usXBP1とsXBP1両方　PCRがかかります。

(無題) 削除/引用 No.10906-10 - 2022/10/31 (月) 01:33:38 - ER おっしゃている意味がわからないのですが、 FW側が共通なのは当然ですが、RE 側が共通なのはスプライシングだからで説明が十分なのですか？

(無題) 削除/引用 No.10906-9 - 2022/10/30 (日) 12:36:53 - おお >[Re:8] ERさんは書きました : > なるほど、たしかに検索したら２つのサイズのXBPが検索されました。 > 共通のシークエンスを持っているというのはとても興味深いです。 > ありがとうございます。 いや、スプライシングだから、、、、 同一のTranscriptが一部プロセッシングされただけで、その部分以外は一緒。 （普通のスプライシングではないけど）

(無題) 削除/引用 No.10906-8 - 2022/10/30 (日) 10:39:29 - ER なるほど、たしかに検索したら２つのサイズのXBPが検索されました。 共通のシークエンスを持っているというのはとても興味深いです。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.10906-7 - 2022/10/30 (日) 05:15:16 - おお >[Re:6] ERさんは書きました : > 2組のプローブを使っておりますが？　（これは1:1:2）の基本的な手法ですよね？ > なぜ1組でsXBP1とusXBP1の両方が測定できるかが知りたいのです。 > > >[Re:3] ERさんは書きました : > > > Q. つまり２つに切り取られたXBP1について、片方をFWで、もう片方をREで検出しているということになるのでしょうか？その場合は、実質FWのみで１つの遺伝子を検出しているような気がしてならないのです。 > > > > https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-2522-3_1/figures/1 > > Fig 1 a を見てください。 > Schematic representation of XBP1 splicing. The position of the primers XBP1-Fwd and XBP-1-Rev is indicated. PCR with this primer pair yields a 282 bp product from XBP1u cDNA and a 256 bp product from XBP1s cDNA. this primer pair yields。。。 文面からしても一組です（pairは単数、二組ならthese pairs）。 つまり、この一組のプライマーペアーから2つのPCR　products（ XBP1u から２８２bp、XBP1sから２５６bp）ができる。プライマーは両者の共通した配列を使っている。 あなたが読んでいる文献のプライマーペアーをPrimer blastでデーターベースからどんなPCR Productsができるかln silicoで実行してみてはどうでしょうか。。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

(無題) 削除/引用 No.10906-6 - 2022/10/30 (日) 03:10:36 - ER 2組のプローブを使っておりますが？　（これは1:1:2）の基本的な手法ですよね？ なぜ1組でsXBP1とusXBP1の両方が測定できるかが知りたいのです。

(無題) 削除/引用 No.10906-5 - 2022/10/29 (土) 13:24:37 - おお >[Re:4] ERさんは書きました : > なお２組の時はFWはsXBP1とusXBP1それぞれ別のプライマーですが、REについては完全に同配列のプライマーを入れています。 従って、FW:FW*RE = 1:1:2でmixしています。 > n種類の遺伝子を検出するMultiplex PCRではn組のプライマーを使います（合計n x ２つのプライマー）。その発想なら1:1:2になるはずです。1:1:1 でもPCRがかかるなら問題ないです。さほど理論的厳密性はこの場合重要ではありません。 >[Re:3] ERさんは書きました : > Q. つまり２つに切り取られたXBP1について、片方をFWで、もう片方をREで検出しているということになるのでしょうか？その場合は、実質FWのみで１つの遺伝子を検出しているような気がしてならないのです。 > https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-2522-3_1/figures/1 Fig 1 a を見てください。

(無題) 削除/引用 No.10906-4 - 2022/10/29 (土) 11:10:24 - ER なお２組の時はFWはsXBP1とusXBP1それぞれ別のプライマーですが、REについては完全に同配列のプライマーを入れています。従って、FW:FW*RE = 1:1:2でmixしています。 これですと。いわゆる遺伝子配列をFWとREで挟む方式ですので、基本的に理解はできます。 1:2でいいのかとは悩んでおりますが。 そして、やはり１組の時にどのような理論で計測しているのか混乱してしまいます。

(無題) 削除/引用 No.10906-3 - 2022/10/29 (土) 11:05:07 - ER ご丁寧にありがとうございます。 以下の文章、なんとなく理解していたものに近くもう一歩理解に踏み込みたいと思っています。 usXBP1の真ん中へんが切り取られるのですよね。その外側にプライマーを設定すると切り取られた短いものと、切り取られる前のもの両方が増幅されますよね。 Q. つまり２つに切り取られたXBP1について、片方をFWで、もう片方をREで検出しているということになるのでしょうか？その場合は、実質FWのみで１つの遺伝子を検出しているような気がしてならないのです。

(無題) 削除/引用 No.10906-2 - 2022/10/29 (土) 02:33:36 - おお >FW REプライマー1組に対してsXBP1とusXBP1の2つのバンドが検出できるのはどのような理論 usXBP1の真ん中へんが切り取られるのですよね。その外側にプライマーを設定すると切り取られた短いものと、切り取られる前のもの両方が増幅されますよね。 ＞またsXBPに対して、FW REを1組、usXBP1に対しても1組の計2組のプライマーをmixする方法もあります。 これだけではよくわからないので、自身でusXBP1とsXBPを模式的に直線を書いて、共通する部分を太くするとか、共通しない部分と色で差別化して、それぞれのプライマーがアニールする位置を書き入れてみてください。 科学的（エビデンス的）にどうこうというのは、PCRは増幅される場所がサンプルの中に存在するということだけです。そのことに加えてこれまで観察されたデーターの蓄積などから科学的な判断をすることになります。場合によっては今までのデーターから違う可能性が見過ごされている場合もまあまああるのだろうと思います。科学的にというならばどこの部分がPCRで検出されて、それによって言えることはなんなのか熟考して、今までのデーターと照らし合わせて言えることはなにか、それ以外に言えることがあるのかないのか、あったとしてそれを否定しているデーター、肯定しているデーターはなにか、よく熟考してください。

s/uXBP1 プライマー　なぜ1組のプライマーか？ 削除/引用 No.10906-1 - 2022/10/28 (金) 23:13:53 - ER PCRにてXBP1遺伝子のスプライスの有無を見ています。 素人質問で大変恐縮なのですが、 FW REプライマー1組に対してsXBP1とusXBP1の2つのバンドが検出できるのはどのような理論なのでしょうか？s/uXBP1としてFW REそれぞれ1種ずつmixしております。 またsXBPに対して、FW REを1組、usXBP1に対しても1組の計2組のプライマーをmixする方法もあります。上記の1組のものと科学的あるいはエビデンスが異なるのでしょうか？

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