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サンプル希釈時の分子量の変化(Western blot) トピック削除
No.10894-TOPIC - 2022/10/25 (火) 08:11:31 - KT
Western blotでサンプルのロード量が多すぎてバンドのintensityがサチュレーション、スメアになったため、10倍希釈して再実験したところバンドは非常に明確になりましたが、分子量がかなり高分子側にシフトしました。サンプルバッファーに含まれる還元剤などの影響により分子量が変動することは考えられるかもしれませんが、同じようなご経験お持ちの方おられますでしょうか。
 
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No.10894-4 - 2022/10/26 (水) 19:50:57 - KT
ご見解の共有どうもありがとうございます。

おおさんに共有いただいた、https://www.nature.com/articles/s41598-019-50385-9のFig6に自身のデータも近いものでした。恐らくこれと同じ現象をみていたのかと思います。

(無題) 削除/引用
No.10894-3 - 2022/10/26 (水) 13:36:01 - zam
もう何十年前の学生時代の経験ですが、SDS-PAGEで目的タンパク質のバンドだけが、位置が変化したことが一度ありました。上だったか下だったか、忘れました。
やり直したところ、いつもの位置に戻ったので、深追いはしませんでした。
サンプルを取り違えたか、何かやらかしたか、そんな程度のことだったと考えています。

(無題) 削除/引用
No.10894-2 - 2022/10/25 (火) 08:59:46 - おお
バンドの上側、両端でなくて中央付近がサイズとして正確に出るところです。バンドの上側でなくて一番太ったところを基準にしていたらアプライ量で分子量が変動するように見えるかもしれません。
たとえば
https://www.nature.com/articles/s41598-019-50385-9
Fig6とか。

還元剤については、別にたんぱくが濃いときも薄いときも同じ濃度入っているでしょうし、多少濃度の上下があって変動するとは思えませんが、タンパク量が多いときに還元剤が十分に作用していない事はあるのかもしれませんがそれほどたんぱくが多いとSDSPAGEがうまく流れるのかとも思います。

サンプル希釈時の分子量の変化(Western blot) 削除/引用
No.10894-1 - 2022/10/25 (火) 08:11:31 - KT
Western blotでサンプルのロード量が多すぎてバンドのintensityがサチュレーション、スメアになったため、10倍希釈して再実験したところバンドは非常に明確になりましたが、分子量がかなり高分子側にシフトしました。サンプルバッファーに含まれる還元剤などの影響により分子量が変動することは考えられるかもしれませんが、同じようなご経験お持ちの方おられますでしょうか。

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