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(無題) 削除/引用 No.10887-3 - 2022/11/01 (火) 10:58:46 - ゆう panccan様 ご回答ありがとうございます。 TNMplot、、良さそうです！詳細なアドバイスありがとうございます。 もう一つご質問ですが、例えばRNAseqデータなどで得られた遺伝子（ある変異があると、発現上昇している遺伝子など）を一気に機能面まで解析できるツールのおすすめありますでしょうか？ GSEAデータベースを使用したかったのですが、TCGAで得られたデータからですと解析できなかったです、、 一個一個検索ですとかなり時間がかかってしまうので、GSEAのような一度に調べられるサイトありましたらアドバイス頂けますと幸いです。 よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.10887-2 - 2022/10/28 (金) 13:07:56 - pancan cBioportalを使い込んでいないので間違っているかもしれませんが、使用するデータセットによっては正常組織が無く比較できないかと思います。 TCGAのデータセットですとサンプル数は少ないですが、おそらく摘出時のマージンががん周囲の正常組織として登録してあります。 Xena(http://xena.ucsc.edu)を使用されてはどうでしょうか。 cBioportalと同様、がんトランスクリプトームの可視化ツールです。 こちらはチュートリアルが丁寧なので使いやすいかと思います。 正常とがんの比較方法も記載されていたと思います。 また、正常組織のデータセットですが、GTExのデータがよく使用されている印象です。 ただしGTExは正常組織のみですので、がんのデータセットと比較する場合は解析方法の違いによるバイアスには注意が必要だと思います。 TNMplot(https://tnmplot.com/analysis/)はGTExやTCGAなどの複数のデータセットを標準化して、正常組織とがん組織の遺伝子発現を比較できるツールだそうです。 複数のデータセットを統合しているのでサンプル数が多いこと、簡便に使用できることが利点かと思います。 ご参考になりましたら幸いです。

cBioportalについて 削除/引用 No.10887-1 - 2022/10/20 (木) 13:55:24 - ゆう cBiorportalを今勉強しています。ある遺伝子変異をもつ群ともたない群などは比較できますが、例えば正常組織と癌組織である遺伝子発現量を比較する場合はどうすればよいのでしょうか？ 癌組織のデータセットはありますが、正常組織のデータセットが見つからないです。論文などでは正常と比較しているのですが、、 ご存じの方いましたら教えて頂けますと幸いです。 よろしくお願いします。

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