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(無題) 削除/引用 No.10871-4 - 2022/10/15 (土) 11:23:38 - み 非上皮系で高発現（あるいは意味のある発現）が確認されているならCell lineもその手の種類を探した方が良い印象です。 自分の場合は内在蛋白がしっかり確認できるlineでないと使用しません。 遺伝子導入効率が良いからHEk, COS, CHOあたりは使用されやすいですが、生物学的現象に与える効果・機能を見たり、外入れだけでなく内在蛋白を逆にknockdownした場合、辻褄が合うデータが出るかなど考えるべきだと思います。 Pathwayに着目しても上皮系ではparalog1, 非上皮系ではparalog2が機能しているかもしれませんし、入口の時点である程度出口のことを考えておいた方が良い。

(無題) 削除/引用 No.10871-3 - 2022/10/15 (土) 02:38:42 - おお 悩むのもわからないでもないです。 ＞最適なcell lineどうやって実験系を組み立てていいのか 間違ってはいないのですが、 実験を組み立てれる系（細胞）をどうやって使うかと考えたほうがいいです。 また、そういう系があなたの実験で見たいことが見れるのかという点を検証しながら組み立てる事もあるでしょうし、見たいことが見れないのはある意味発見で、そのギャップを埋める因子なども研究の進展に寄与する可能性があります。そういう意味では無計画にまあとりあえずっていうのが "ありえないやり方" とまでは言えないのも事実だと思います。まあそうやって結論が出ないままDescriptiveな状態で論文にすることもあろうかと思いますが、それをみて「なんの意味があるの、わけわからん」という人はScienceの本質をわかってない人だろうからほっとけばいいでしょう。 ということで正解とかはっきりとしたものはないです。非上皮系腫瘍のCell lineを集めて使いやすそうなのを探すとかいうことも考えれることです。遺伝子の導入に関しては、レンチやアデノなど比較的細胞を選ばない方法論もかなり普及して来てます。非上皮系腫瘍であればHEKよりは線維芽細胞の方がいいかもとか言うこともあるかもしれません。あるいはマウス由来の類似したがん細胞とかもあり得る選択かもしれませんね。もし関わっているであろうシグナル伝達が予想されるならその伝達経路が動くものを探すというのもやり方かも知れません。

(無題) 削除/引用 No.10871-2 - 2022/10/14 (金) 11:56:58 - asan あなたが示したいものを論文に乗せた時に、”科学的に”その結論を導くのに不適切あるいは決定的なクレームがついた時にレビューに対して納得してもらえるような妥当な反証ができればなんでもいいともいます。 実際のところ、すべての実験が論文全体の趣旨通りに行われるわけではないので、初期の頃にやったデータを使った結果最適なものでなくなることはよくあります。ただ、基本的には現時点で何をしたいのかその目的意識とそれを証明するための妥当性があるかないか（科学的な視点で）、後は技術的なハードルや時間やコストとの兼ね合いでどのレベルの証明がしたいかでバランスをとってやるものです。決して、あらゆる実験は最初から完璧な環境で100%文句のない最適なツールでやらなきゃいけない、というわけではありません。ただ、目的意識が多少かわることはあっても、そもそも実験として何が言いたいのかよくわからないデータの取り方、見せ方、あるいは実験条件の設定の仕方など基本的な部分が意味不明だと、その実験の妥当性以前にこの論文はわかってない人がただやっただけだな、と心証が非常に悪くなります。細胞生物学の分野だとIF5を切るような論文のデータではよくありますが、個別のfigをみるとトップジャーナルでも全くないとは言いません（トップジャーナルのデータだからすべての個別Figがきちんとされてるとは限りません。） はっきり言って、その辺のがきちんと自分で文献を調べて立案してボスに提案して実行して結論が出せることが究極的には研究者（実験をやる学位取得研究者レベルとしての）能力の差異だと思います。別に絶対的な正解不正解はないですから。その意味では、難しい概念を噛み砕いて現時点で可能な方法でうまく結論を展開しているような論文は見てて面白いです。最近はCNSでも予算かけて大規模解析などをとりあえずとってごちゃごちゃやって誤魔化してるだけの論文も多いですけどね。

最適なcell lineってどうやって選びますか。 削除/引用 No.10871-1 - 2022/10/14 (金) 09:55:41 - HAKATA ある事象を説明するために、最適なcell lineをどうやって選ぶかで難渋しています。 具体的には、ヒトの非上皮系腫瘍で同定してきた遺伝子の意義をHEK等で意義づけをしようと思っています。その腫瘍のcell lineに大きなtechnical difficultyが存在するためです。cell lineごとに、pathwayも違いはあるはずなのですが、どこまで許容されるのでしょうか。 また、論文を読んでいると突然Cell lineが切り替わって、一見、一貫性がないようにも見えることがよくあり、裏にはその実験に最適なcell lineを都度選択しているためと愚考しています。 最適なcell lineどうやって実験系を組み立てていいのか今更ながら悩んでいますが、何かアドバイスをいただけないでしょうか。

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