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電気泳動後のゲル染色 トピック削除
No.10859-TOPIC - 2022/10/11 (火) 12:21:57 - 電気泳動
PCR後の電気泳動後のゲルってGelredとかで何分か染色してからUVあててみますが、昔エチブロを使ってた頃って溶かしたアガロースに直接エチブロを入れて、後染めしなくていいゲルとか作ってましたよね?

最近そういう商品ってないですか?後染めを省けるみたいな。
 
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(無題) 削除/引用
No.10859-14 - 2022/10/11 (火) 22:30:22 - 経験談
撮影機に露光時間調整機能があれば
染色が劣化しててもバンドは見える。
先染めでストックするくらい頻繁に泳動するなら
作ったストックは1ヵ月後には使い切っちゃうだろうから
わざわざ限界探るようなことはしないけど。

先染めBuffer冷蔵は劣化具合が色でわかるから
薄くなっても再び試薬添加して濃くすれば
ゲル内で平衡して普通に使える。
後染めEtBrも廃液減らす為に薄くなったら補充する、くらいの感覚。

バンド濃淡で定量したいとか
いつも同じ状態のゲル使いたいなら用時調製すればいいし
ミドリグリーンなら水に入れてレンチンするタイプもある。
https://www.n-genetics.com/products/search/detail.html?product_id=6042
レンジで沸騰(手前)までして大丈夫なんだから
そんなに繊細なものじゃないんじゃない。

余談だけどLB+Ampとかも
MIX済み粉末溶かしてレンチンしてプレート作れる製品もあるし。
(Amp失活せんのかい!)

あとはコストと目的、設備、再現性と相談してどこまで手抜くか。
余ったゲルをフラスコに置いといたら水分蒸発してるから厳密に〇%じゃない!
なんて気にするくらいなら作って使うが最強。

(無題) 削除/引用
No.10859-13 - 2022/10/11 (火) 19:19:42 - おお
SYBR Safeは1ヶ月ぐらい作って保存していたのを使っても大丈夫でした。また、多めに作りすぎたゲルをフラスコでキープして溶かし直して使ったこともあり、ワークしてました。プロダクトシートなどはあとで確認しますが、安定性はうたわれていたような気がします。

(無題) 削除/引用
No.10859-12 - 2022/10/11 (火) 19:08:40 - momo
すみません、1ヶ月弱でした。

でも、先染めだと作ってすぐ使う場合が多くないですか?後染めの希釈染色液は長持ちして欲しいところですが。

(無題) 削除/引用
No.10859-11 - 2022/10/11 (火) 19:07:01 - momo
技術資料によれば、ミドリグリーン エクストラ入りのゲルは遮光しておけば1ヶ月とあります。
https://www.n-genetics.com/products/1072/1024/17358.pdf

(無題) 削除/引用
No.10859-10 - 2022/10/11 (火) 18:59:37 - G25
トピ主によりclosedになりましたが、抜けている視点に気がついたので、

今どきのEtBr代替色素は、希釈後の寿命が短いという印象があります。たとえばSybr Greenシリーズは当日しか保たなくて、基本要時希釈とマニュアルにも明記されていた記憶があります。EtBrなら余裕で週単位保ちますけど。

挙げられた色素それぞれ入れて作ってゲルはどのくらい染色性を保ちますか?

感謝 解決済み 削除/引用
No.10859-9 - 2022/10/11 (火) 18:12:44 - 電気泳動
みなさまいろんなコメントありがとうございます。
試薬検討してみます。

(無題) 削除/引用
No.10859-8 - 2022/10/11 (火) 17:07:15 - おお
https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/product/documents/362/950/s9430dat.pdf
SYBR Greenの説明をミルト、ゲルに入れてもできるけど、後染めのほうが感度がいいと書かれてますね。

(無題) 削除/引用
No.10859-7 - 2022/10/11 (火) 16:47:07 - おお
GelRedはDNAの移動度の影響がエチブロより強く、ゲルに混ぜることもできますが後染めのほうがより良いという話があったような、
SYBR Safeをゲルに入れて使ってます。

(無題) 削除/引用
No.10859-6 - 2022/10/11 (火) 13:30:33 - momo
ミドリグリーン エクストラを先染めで使っています。選定の際には泳動度に対する影響が少ないものという基準で選びました。選定は何年も前の話なので、今はもっと良いものがあるかもしれませんが、不自由なく使っています。

(無題) 削除/引用
No.10859-5 - 2022/10/11 (火) 13:22:09 - AA
なんかタイムリーにフナコシから下記製品の広告DM来てました。
Atlas ClearSight Gold DNA Stain

これにしろGelredにしろ、基本的に先染めできるんじゃないかと思います。

(無題) 削除/引用
No.10859-4 - 2022/10/11 (火) 13:14:56 - G25
私の知っているGelRedという製品は、かなり前からある製品で、ゲルに添加して使えますけど、名前が同じでも別物でしょうか?
GelGreenという姉妹品も増えました。
https://www.cosmobio.co.jp/product/detail/01480001.asp?entry_id=2466

後染めをやめたいなら、ローディングバッファーに加えてサンプルDNA自体を染める色素もありますね。ミドリグリーンとか。
しかし、PCR反応液をそのままロードできる系なんか使っていると、これもローティングバッファーを加えるという一手間が面倒かも。

(無題) 削除/引用
No.10859-3 - 2022/10/11 (火) 12:33:46 - Ggr

GelRedでも先染めできるけど。
無論、泳動度が変わる場合もある。

(無題) 削除/引用
No.10859-2 - 2022/10/11 (火) 12:32:23 - noname
https://labchem-wako.fujifilm.com/jp/product/result/product.html?fw=safelook

富士フイルム和光よりこんなのがありますよ。
ローディングダイタイプと、エチブロみたいにゲルに溶かしても
OKなタイプがあります。

電気泳動後のゲル染色 削除/引用
No.10859-1 - 2022/10/11 (火) 12:21:57 - 電気泳動
PCR後の電気泳動後のゲルってGelredとかで何分か染色してからUVあててみますが、昔エチブロを使ってた頃って溶かしたアガロースに直接エチブロを入れて、後染めしなくていいゲルとか作ってましたよね?

最近そういう商品ってないですか?後染めを省けるみたいな。

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