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(無題) 削除/引用 No.10822-5 - 2022/09/28 (水) 16:39:12 - momo シグナルが弱いときにはノイズ含みのものを無理にダブルピークのように解釈することがあります。解釈後のelectrophoretogramではなく、raw dataを見て十分んなシグナル強度がないようであれば、その可能性が高いように思います。

(無題) 削除/引用 No.10822-4 - 2022/09/28 (水) 15:17:03 - G25 サンガー法では配列のクセによって出ないはずのピークが出たり、あるはずのピークが減弱したり消えたりすることがあります。 最近主流のサイクルシークエンスでは酵素とか基質の改良などなどで、そういうことあまり目立たなくなっていますけど、Klenowを使う古典的な反応では顕著かつ頻繁に起こることでした。 そういうのは、癖のパターンはだいたい知られていたし表裏の鎖を読んで突き合わせればだいたい正解がわかるものです。 もし本当にヘテロジナスな配列が存在しているなら、表で読んでも裏で読んでも二重のピークが見えるはず。また、鋳型がヘテロジナスな配列を含む可能性があるかどうかは実験デザインから判断つきますよね。 もし二重のピークがあったとしても裏では単一であれば、二重のピークの方はartifactだとみなしていいと思います。

(無題) 削除/引用 No.10822-3 - 2022/09/28 (水) 13:47:08 - Anon ピークの高さやシーケンスのクオリティによって、ノイズが重なってピークが重なっているようにみえることはあります。 別のプライマーと同じプライマーでもう一度シーケンスしてみるとよいでしょう。それでもピークが重なっていたら、二種類のプラスミドが混合している可能性が高いでしょう。

(無題) 削除/引用 No.10822-2 - 2022/09/28 (水) 08:40:00 - おお なんの配列を決めようとしているのか、実際の波形データはどのような感じかによって答えが変わってきます。

サンガーシーケンスの配列決定 削除/引用 No.10822-1 - 2022/09/28 (水) 05:50:48 - yoshio 学生です。サンガーシーケンスで波形のピークが2つ見られる場合、どのように配列を決定していますか？もう片側でシーケンスしてピークが単一だった場合、その配列を採用しても大丈夫でしょうか？また2つ波形のピークが7:3など差が見られる場合は、どのように判断されていますか？よろしくお願いいたします。

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