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(無題) 削除/引用 No.10821-17 - 2022/10/03 (月) 21:57:28 - mp BDのテクニカル部門のひとにでも聞いてみたらいいんじゃない。 あるいはその方から直接きいてもらうとか？

(無題) 削除/引用 No.10821-16 - 2022/10/03 (月) 20:15:04 - さひやこ おお様 ありがとうございます。 ゲーティングのやり方は、教科書に書かれており、均一の細胞を選ぶなどの目的も書かれています。 ただ、散乱光ゲートで、一つの細胞集団が、右上に広がるような形でプロットされている際に、どこを選ぶかは触れられていません。 散乱光のゲートも種類があって、どれかを選ばなければならないので、解析をしたことがない方は、その辺りにも戸惑いが残るようです。 教科書ももう少し探してみます。

(無題) 削除/引用 No.10821-15 - 2022/10/03 (月) 20:03:50 - さひやこ 立場は？様 ありがとうございます。 FlowJoには、オートで囲むゲートも選べるので、範囲はまずそれで納得してもらおうかと思いますが、それでも、範囲の大小が選べるので、正解は一つにならないです。 ある程度の基準を決めて、同じ解析ができれば、少しのエリアの違いはあっても、結果は大きくは変わらないことを伝えてみたいと思います。 ヒストグラムにつきましても、ありがとうございました。 三つ(unstain, Iso, stain)を見比べて、決めるやり方は、以前行っていました。 ヒストグラムも、それぞれの解析に合わせた、最適な見方があって、正解は一つにならないですね。

(無題) 削除/引用 No.10821-14 - 2022/10/01 (土) 05:08:41 - おお 方法論的に詳しく解析の仕方など書いた本などないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.10821-13 - 2022/10/01 (土) 02:45:09 - 立場は？ 失礼しました、書き忘れがありました。 >[Re:12] 立場は？さんは書きました : > はこういう実験なんだ、というので納得はしていただけないでしょうかね？ フローサイトメトリーはこういう実験なんだ、というので納得はしていただけないでしょうかね？

(無題) 削除/引用 No.10821-12 - 2022/10/01 (土) 02:42:17 - 立場は？ なるほど、それは困りましたね。私もさひやこさんやmpさんと同様にきっかりと範囲を囲むことは難しい（と言いますか無理）だと思いますし、多少範囲が変わっても結果は大きく変わらないと思います。ある程度恣意的に囲むからこそどこを囲んだのかをきちんと記録に残しますし、もちろんみなさんもそうされていると思います。はこういう実験なんだ、というので納得はしていただけないでしょうかね？ ヒストグラムは私はIsotypeが数%陽性になるところでゲートかけてますかね。まぁunstainとIsotypeとstainで比べて。右にずっといくとずっと０じゃないですか、ですので数%陽性の位置で、「ここがほぼ０に近い」ということで出しています。

(無題) 削除/引用 No.10821-11 - 2022/09/30 (金) 19:45:51 - さひやこ 立場は？さま ありがとうございます。 科学なので正解は一つ、という持論を持たれています。 現在は、解析ソフトの違いによる陽性率の差を調べています。 ヒストグラムのゲーティングも解析をされる方がそれぞれ決めているとは思いますが、大きくは二つに分けられるのかと思っていました。 波形の右裾と横軸の交点をゲートとするか、IsoTypeが100％となる(IsoTypeの陽性側が0%になる)ところをゲートとするか。 間違っていましたら、ご指摘頂きたいです。他のゲーティング方法の方もいるかと思います。

(無題) 削除/引用 No.10821-10 - 2022/09/30 (金) 19:40:31 - さひやこ mpさま ありがとうございます。 ドットプロットの中で、死細胞が多いエリア、凝集体が多いエリア等があることは伝えましたが、やはり境界が目に見えるわけではないので、理解が進みませんでした。 私は、ゲートのツール自身も数があるので、その細胞集団の形に合わせて選べばよいと考えており、mpさんのおっしゃる通り、選択するエリアを少し変えたところで、最終的な結果も大きくは変わらないと考えています。 「正解がひとつでないと科学でない」と、その方はおっしゃっていますが、少しの差はあれ、結果は一つではないかと思ってしまいます。

(無題) 削除/引用 No.10821-9 - 2022/09/30 (金) 02:25:25 - 立場は？ サイトメトリーをやったことのないかたから「ゲーティングの正解は一つしかない」と言われましても、その一つの正解はそのかたにしかわからないのでこちらからは説明のしようがないですよね。むしろその一つの正解を教えてほしいです。ヒストグラムは答えが２つあるのですか？参考にしたいのでぜひ教えていただきたいです。

(無題) 削除/引用 No.10821-8 - 2022/09/29 (木) 22:04:00 - mp ゲーティングはある程度恣意的なものですし、確かにわたしも最初はその恣意性に戸惑ったりもしました。でも細胞株などの均一な集団であれば、fsc-sscゲートの範囲を多少いじったからといって最終的なデータには殆ど影響無いですよね。死細胞やデブリが被ってくるなら別ですが、それもPIとかで除けばいいわけですし。これで納得できないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.10821-7 - 2022/09/29 (木) 19:46:22 - さひやこ 立場は？様 ありがとうございます。 私が実験と解析の担当で、フローサイトメトリーをやったことがない方に解析結果を報告する立場です。 お願いします。

(無題) 削除/引用 No.10821-6 - 2022/09/29 (木) 19:25:51 - さひやこ ほ様 遅くなりまして、すみません。 分散が大きいほど、境界があいまいということは理解できていましたが、その方への説明は十分でなかったと改めて感じました。 正解は一つという方が理解できていないと感じます。 ただ、その正解が一つという方には、ドットプロットがどのような集団か説明も必要かと感じています。

(無題) 削除/引用 No.10821-5 - 2022/09/29 (木) 04:16:43 - 立場は？ さひやこさんがそのかたからゲーティングを習っていて、ゲートする方法は一つないし２つしかないから、何が正解か考えなさい、と言われているのですか？それとも、さやひこさんは教えている立場でそのかたから正解を教えてほしい、と言われていてどう説明すればいいのかを探しているのですか？

(無題) 削除/引用 No.10821-4 - 2022/09/28 (水) 10:05:46 - さひやこ mp様 正解が一つという方は、解析を行った方が手動でエリアを決める際に、何か基準があって決めていると思っているようです。 ドットプロットのエリアも、細胞集団の形で決めるので、円や楕円もあれば、正方形や長方形もあることを伝えましたが、なかなか伝わりません。 FlowJoでは、解析対象を自動で囲むことも操作として選べますので、その方は、それが正解と考えているかもしれません。 ヒストグラムに関しても、波形の右裾と横軸の交点をゲートとするか、IsoTypeが100％となる(IsoTypeの陽性側が0%になる)ところをゲートとするか、議論になり、それも、正解を探しているところです。 宜しくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.10821-3 - 2022/09/28 (水) 10:01:33 - ほ 一般に、明確な線引きにはコントロールが必要です。 コントロールのない場合の線引きは、各イベントの集合が示す蛍光強度の分散によります。分散がより大きいほど、より曖昧な線引きになります。 相手に理解力があれば説明できますが、そうでなければ説明できません。 また、記述いただいた内容だと、誰が理解していて、誰が理解していないか、あいまいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.10821-2 - 2022/09/27 (火) 20:32:13 - mp その方の言う正解とはどのようなものなのでしょうか？

フローサイトメトリーのゲーティング 削除/引用 No.10821-1 - 2022/09/27 (火) 16:41:13 - さひやこ いつも勉強させていただいています。 初歩的な質問ですみません。 フローサイトメトリー解析のFSCとSSCのドットプロットで、一つの細胞集団が表示される場合、ゲートの引き方についてお聞きしたいことがあります。 一つの細胞集団の場合、密度が高いエリアを中心に密度の低いエリアまで含めると思いますが、そこに明確な線引きはありますでしょうか。 私自身、等高線プロットを参考にして、ドットプロットがまばらになってきた辺りを境界しておりました。 ただ、ある方に、ドットプロットのゲーティングは正解は一つしかないと言われ、その方にどう説明しようか悩んでいます。 どなたか、お知恵を拝借できませんでしょうか。 ヒストグラムのゲーティングも同じことを言われ、こちらは二つの答えがありますが、教科書的な説明を探しております。

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