質問させてください。
今、プロモータのルシフェラーぜアッセイ実験を行っています。
上流2 kb以内に興味あるエレメントがありそうなので、550, 350, 600, 500 bpに分割して、pGL3にクローニングしようとしていますが、どうしても350 bpのものだけコロニーが出ません。
途方に暮れてしまったので質問させていただきたいです。
私はNhe1とXho1サイトを持たせたプライマーでPCRを行い（15 cycles）、その後ゲル切り出し後、酵素処理して、その後にキアゲンカラムで精製しました。精製後にゲルには流していません。
その後、同じ様に処理したベクターとライゲーションしています。
それにより他のクローニングではコロニーが多数見えましたが、350のものだけは〇が続いています。
当然、その350 bp内には使用した制限酵素サイトはありません。
そこで今考えてるのは、キアゲンのgel抽出キットについてくるスピンカラムでは350 bpは小さ過ぎてフロースルー分画に行くのでは？と考えるようになりました。
もうサンプルがないので確かめようがないのですが、その可能性はありますでしょうか？
もしスピンカラムを使わないのであればどのような方法で制限酵素を除けますでしょうか？フェノクロでしょうか？
大変稚拙な内容で恐縮です。
よろしくお願いいたします。
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