Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る　|　トピック一覧　|　研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム（readのみ）

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

CRISPR KIのssODNの設計について トピック削除
No.10803-TOPIC - 2022/09/22 (木) 20:50:53 - パワハラされたら直に訴えます
CRISPR KIのssODNの設計についてお聞きしたいです。
CRISPRでゲノム上を切断し、ssODNを使用してKIマウスを作製したいです。
その際に、homology armを何bpで設計するのが望ましいでしょうか？
またssODNの注文ですが、FASMACなど外注先として適切な会社があれば教えてください。その時におすすめの精製方法などありませんでしょうか？
　
- このトピックにメッセージを投稿する -



全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用
No.10803-3 - 2022/09/23 (金) 08:00:15 - PCR
ところで、あなたの立てたトピックNo.10739「Inverse PCRを用いたpoint mutaion Plasmidの作製」が投げっぱなしになっていますが、皆さんが親切に回答してくださったことであなたの疑問は解決したんですか？

(無題) 削除/引用
No.10803-2 - 2022/09/22 (木) 22:04:59 - AA
化学合成で行う場合は150-200bpくらいまでが正確に作れる限界だと思います。
(お願いすれば長いやつも挑戦はしてくれると思いますが)
なので、その長さからKIしたい配列長を差し引いたものを2で割った数がleft/rightのhomology armの長さになります。

もっと長いssODNの場合、プラスミドのnickase処理や、二本鎖PCR産物の片側消化などで作成することになります。
この場合はもう少し自由度が上がりますので、100-数百bpくらいの長さで、酵素認識配列やプライマー条件などでちょうどよいところを選べばいいと思います。
文献的には数bp-数十bpでうまく行っているケースも散見しますが、短いよりは長いほうがうまく行きやすい印象です。

合成の依頼先は普段プライマーとか依頼している会社でいいと思います。
長いssODNの場合は、受けてくれる会社が少ないので選択肢はそんなに無いと思います。

CRISPR KIのssODNの設計について 削除/引用
No.10803-1 - 2022/09/22 (木) 20:50:53 - パワハラされたら直に訴えます
CRISPR KIのssODNの設計についてお聞きしたいです。
CRISPRでゲノム上を切断し、ssODNを使用してKIマウスを作製したいです。
その際に、homology armを何bpで設計するのが望ましいでしょうか？
またssODNの注文ですが、FASMACなど外注先として適切な会社があれば教えてください。その時におすすめの精製方法などありませんでしょうか？
全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール  　アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます）
上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません）
解決（問題が解決した際にチェックしてください）
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 
〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。