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(無題) 削除/引用 No.10802-13 - 2022/09/26 (月) 19:27:02 - pa 私も横ですが、そういうことだと思います。検索してみるとpoliovirus VPg, FMDV VPg1などが例のようです。protein-primed RNA synthesisと呼んでいました。

(無題) 削除/引用 No.10802-12 - 2022/09/26 (月) 17:05:23 - noname 横からなのとトピックから外れていてすいませんが、タンパク質性のプライマーって、 タンパク質（ペプチドくらい？）がRNAの様にプライマーとして働くということですか？

(無題) 削除/引用 No.10802-11 - 2022/09/25 (日) 13:35:51 - PCR そういえば、tRNAをプライマーにするとか、タンパク質性のプライマーがあるとかいう話を学生時代にウイルス学で習った記憶がかすかにあります。

(無題) 削除/引用 No.10802-10 - 2022/09/25 (日) 13:34:05 - PCR >[Re:8] 774Rさんは書きました : > 生理的な役割をしてる時のRNA依存性RNAポリメラーゼも伸長中は1本鎖の鋳型に対して相補鎖が伸長するわけですが、人工的にオリゴRNAをアニールさせてプライマーの役割をさせてもそこから伸長しないという理由は何かあるんでしょうか？ DNAポリメラーゼはde novoに複製を開始することができず、プライマーなど既にアニールしているDNAの伸長をするのみであるのに対し、RNAポリメラーゼ（DNA依存性RNAポリメラーゼ）はde novoな合成をすることができます。私の「プライマーに依存する＝プライマーで複製領域を決めることができるのですか？」というコメントは、厳密なプライマー依存性があるのですか＝それ以外の場所から複製開始しないことは確かなのですか、という意味です。 RNA依存性RNAポリメラーゼと言ってもウイルスによって多様性はあるでしょうが。

(無題) 削除/引用 No.10802-9 - 2022/09/25 (日) 01:22:13 - SYBR master >[Re:8] 774Rさんは書きました : > 生理的な役割をしてる時のRNA依存性RNAポリメラーゼも伸長中は1本鎖の鋳型に対して相補鎖が伸長するわけですが、人工的にオリゴRNAをアニールさせてプライマーの役割をさせてもそこから伸長しないという理由は何かあるんでしょうか？ その反応は現状記憶(論文の有無）が無いので可能かどうか私は知りませんが、RNAをprimerとして利用するメリットが現状見当たりません。DNA合成のコストにくらべRNA合成のコストでは倍近く高いので。あと、化学合成では精度もRNAのほうがわずかに低いです。DNAの精度は精製を絡めれば200 mersでも99.7%位行くけど、RNAはそれより短くても98%がmaxだと記憶しています。 RdRpがRNAをprimerとして利用できるかどうか、と問われれば、できそうだけど私の記憶からは効率は悪そうだとしかいえません。

(無題) 削除/引用 No.10802-8 - 2022/09/25 (日) 00:52:22 - 774R 生理的な役割をしてる時のRNA依存性RNAポリメラーゼも伸長中は1本鎖の鋳型に対して相補鎖が伸長するわけですが、人工的にオリゴRNAをアニールさせてプライマーの役割をさせてもそこから伸長しないという理由は何かあるんでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.10802-7 - 2022/09/25 (日) 00:28:31 - SYBR master >そこで素朴な疑問なのですが、RNA依存性RNAポリメラーゼを使用しない理由はあるのでしょうか？わざわざRNAから逆転写酵素を用いてcDNAを作るのではなく、RNAを鋳型にRNAの複製を合成する酵素であるRNA依存性RNAポリメラーゼを使用すればいいのでは？と思うのですが…どうなのでしょうか？ RNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRp)を利用して何がしたいんですか？最終目的不明なのに、RdRpを利用した方が都合が良いという思考が、私には理解できません。 RdRpによるRNAの複製はプロモーター（ってウイルスの時は言わないけど)依存なので、そこにあるRNA virusの部分的なモノは増えるかもしれませんが、そいつは1本鎖でかつ、1つには収束しないと思うので、増幅バンドはブロードどころかスメアーでうっすらしか見えなくなりますよ。あと、1本鎖は基本２本鎖より、EtBrでも今流行の蛍光染色でも検出感度が悪いですが。 RNAをDNAに逆転写する理由は、以下の通りでです。 1. DNAならPCRができる 2. PCRならサイズが収束して、バンドとして電気泳動で確認できる 3. DNAならシークエンスも読める 4. qPCRもできる 5. DNAの方が安定でクローニングもできる 上記5つのメリットを越えるだけのメリットが、RdRpによるRNAの増幅にありますか？

(無題) 削除/引用 No.10802-6 - 2022/09/23 (金) 07:55:55 - momo 技術が追いついていないというより、そちらが便利というわけではないから誰も実用化しようとしていないということでしょう。 そもそもRNA依存性RNAポリメラーゼによる複製って、プライマーに依存する＝プライマーで複製領域を決めることができるのですか？

(無題) 削除/引用 No.10802-5 - 2022/09/23 (金) 02:11:38 - おお もともとcDNAをRTで作るテクノロジーができていて、それを利用したという経緯があるのも手伝ってるでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.10802-4 - 2022/09/22 (木) 20:18:32 - あの RNAの不安定さも定量の場合には問題になりそうですね

(無題) 削除/引用 No.10802-3 - 2022/09/22 (木) 17:17:32 - usanori 回答ありがとうございます！ やはり原理上は可能だが、技術は追いついていないということなんですね！ すっきりしました。

(無題) 削除/引用 No.10802-2 - 2022/09/22 (木) 16:54:35 - 774R わざわざDNAにせずRNAのまま増やせば良いという発想ですか？ 耐熱性RNA依存性RNAポリメラーゼが存在し、プライマーもRNAで用意すれば原理的に可能なのかな？

RT-qPCRの 削除/引用 No.10802-1 - 2022/09/22 (木) 16:36:47 - usanori RT-qPCR初心者です。 素人質問ですが、ずっと頭に残っているので投稿させていただきました。 ウイルスのssRNA(+)のqPCRを行っています。 PCRに使用されるDNAポリメラーゼは、1本鎖RNAを増幅することができないため、RNAウイルスのPCRでは鋳型RNAからcDNAを作る逆転写が必要だということは分かります。 そこで素朴な疑問なのですが、RNA依存性RNAポリメラーゼを使用しない理由はあるのでしょうか？わざわざRNAから逆転写酵素を用いてcDNAを作るのではなく、RNAを鋳型にRNAの複製を合成する酵素であるRNA依存性RNAポリメラーゼを使用すればいいのでは？と思うのですが…どうなのでしょうか？ 調べても全く出てこないのでお願いします！

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