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クローニングの方法論
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No.10798-TOPIC - 2022/09/22 (木) 11:17:44 - サクラ
あるタンパク質をHisタグ、TEV proteaseの配列付きでプラスミドに入れたいのですが、20bpのOFRのATGを含む配列と80bpほどのHisタグ+TEV proteaseからなるlong primerで増幅して、クローニングして成功しますか?
TEV直後からORFが開始しているため、制限酵素サイトが無い状態です。こういう場合、多少お金を払っても、人工遺伝子を作製するのがよいでしょうか。
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No.10798-5 - 2022/09/22 (木) 12:37:27 - 774R
会社は違うものの、GeneWizのFragmentGENEを使ったことがありますがコスパは良いと思います。
ただ、クローニングしてないだけあって、配列の一部欠損やエラーがいくつか見られたので、鋳型があるならPCRをした方が当たりの確立が高いと思います。
ストップ後のHisタグ配列は無視で大丈夫。
(無題)
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No.10798-4 - 2022/09/22 (木) 12:20:54 - サクラ
idtからgblockというのも出ています。
これだと、両端を制限酵素で切ったら、PCRもせずに、クローニング完了ですよね。
増幅して、切って、入れてとかやっているより、確実でしょうか?
コストもそこまで変わらない気が。。。
もう一点質問ですが、購入したベクターのC末に余計なHisタグがあるのですが、制限酵素的になかなか除けません。終止コドン以降にあるので、無視でもいいのでしょうか?
他にいいベクターがありませんでした。
(無題)
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No.10798-3 - 2022/09/22 (木) 11:51:13 - おお
基本できるはずです。メガプライマーといって数百ベースのPCRプロダクトをプライマーにすることもありますので。もし、うまく増えないなら、その80bプライマーの5’から20ベースぐらいの配列のプライマーで再PCRするか、微量の80bプライマーと通常の量の5’から20bのプライマーを混ぜてPCRする手もあります。
(無題)
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No.10798-2 - 2022/09/22 (木) 11:32:49 - 774R
20塩基のアニールする領域と60塩基の追加配列ってことですね?
問題ないと思います。
クローニングの方法論
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No.10798-1 - 2022/09/22 (木) 11:17:44 - サクラ
あるタンパク質をHisタグ、TEV proteaseの配列付きでプラスミドに入れたいのですが、20bpのOFRのATGを含む配列と80bpほどのHisタグ+TEV proteaseからなるlong primerで増幅して、クローニングして成功しますか?
TEV直後からORFが開始しているため、制限酵素サイトが無い状態です。こういう場合、多少お金を払っても、人工遺伝子を作製するのがよいでしょうか。
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