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(無題) 削除/引用 No.10796-7 - 2022/09/22 (木) 12:45:04 - G25 プレステインマーカーを使っているなら、未染色マーカーにして後染めする。 BioRadはプレステインマーカーの草分けで、いまではロット差のない安定した製品になっていますが、はじめの頃はそうではなかった。 色素の乗り具合でバンドの位置が異なるので、ロットごとに実測から割り出した分子量がプリントされたステッカーが製品に添付されていた。 当時は、プレステインマーカーはルーチンワークには使っても、論文に乗せるデータにするようなここ一番のときは無染色のマーカーを使ったりした。 だからプレステインマーカが主流になった今でも無染色のマーカーは需要があるので供給され続けているわけです。 「そんなことはない」なんて言われたというのは、 今やどこの会社でも分子量のブレがないこと売りにしたプレステインマーカーを売っていて、そういうのを使うのが当たり前になって、それ以外使ったことがないって人ばかり（学生を教える立場のシニアでも）になっているからかもしれない。

(無題) 削除/引用 No.10796-5 - 2022/09/21 (水) 13:29:38 - おお あとマーカーに色素をつけることで分子量が変化し、結合させる分子数を 正確にコントロールするのはむずがしいので、ロット間でも若干違うこともあります、 メーカーによっては、各ロットごとにサイズを何らかの基準と比べて、そのロット各サイズの大きさを計算したりしていて、ロットごとに違うサイズの記述があるものもあるし、Bioradの商品の一部は同じサイズにいつもなるように何らかの工夫をしている。

(無題) 削除/引用 No.10796-4 - 2022/09/21 (水) 13:23:35 - 774R 電気泳度における移動度の違いで細かい指摘があるとは思いませんが、もしわずかな差が重要になる分野なら、「分子量は何kDaである」と言わず、「移動度は〇〇相当である」とか「見かけ上の分子量は○○である。」と言えば問題ないのでは？ サンプル濃度、塩濃度、バッファーの種類、ゲルの組成などでも分子量マーカーと目的タンパク質の相対的な移動度も変わります。元々、分子量マーカーなんて目安であって、絶対的な分子量を表わしてるわけではありませんから。自分のところでやってる同じ実験系で相対的な違いは判るでしょうけど。

(無題) 削除/引用 No.10796-3 - 2022/09/21 (水) 13:21:56 - AA 染色済みのプロテインラダーは色素の影響を受けるため、ゲル組成やpHなどで本来の分子量と移動度に食い違いが出ます。この食い違いの大小は色素の種類や結合量などで変化しますのでメーカーごとに違いが出ます。 評価したいタンパクの分子量が変化しているのではなく、ラダーが不正確なだけですので、1種類のタンパク質の分子量を毎回違う数字で示されれば当然ツッコミを受けます。(不正確性はメーカーも理解しているはずなので、添付情報などでも"42kDa~"などと幅をもたせた表記になっていないでしょうか？)

(無題) 削除/引用 No.10796-2 - 2022/09/21 (水) 13:15:11 - おお どの商品を使って、それを基準に何kDaという記載をするようにする。それだけです。自身のラボでマーカーを変更したりした場合は、比較のために同じゲルで流した結果（画像ファイル）を残しておいて、間接的にでも前のデーターと比較できるようにしておく。 同じロットのマーカーを使っても泳動のバッファーシステムが変わるとズレたりすることもあるので、その程度の基準で正確な分子量が決めれるわけではないのを理解した上でデーターを見ているのは共通の認識と思うべき方思いますが。

分子量マーカー 削除/引用 No.10796-1 - 2022/09/21 (水) 12:58:21 - PKM２ SDS-PAGEの分子量マーカーですが同じ分子量でもメーカーにより移動度が少し異なります。例えば会社Aの１５Kのバンドと会社Bの15Kのバンドがズレます。よって同じタンパク質でもどのメーカーのマーカーを使ったかで分子量に関する記述が違ってしまいます。そんなことはないと言われたのですが、こういう場合はどうしたらいいのでしょうか。

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