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(無題) 削除/引用 No.10781-9 - 2022/09/18 (日) 12:19:35 - abc 皆様 ご返信ありがとうございます。 TapeStationはartifactの可能性が高いというのが皆さんの総意のようですね。 自分もそう予想はしていましたが、皆さんの意見を聞けて良かったです。 参考にさせていただきます。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.10781-8 - 2022/09/17 (土) 11:39:59 - zam 一連のお話しを読みますと、サンプルには800bp付近のPCR産物は存在しないと考えるのが妥当のように思います。 であれば、�@のシグナルは、何らかの異常を示しているということになりますね。 サンプルをアプライした時に誤って何かが入った、カートリッジが汚れていた、電気的な何かで検出器が一時的に異常なシグナルを検出した、機器の故障、ソフトウェアのバグ、などなど。 たとえば、アガロースゲル電気泳動中に、事故または人為的に、同一レーンのウェルに同じサンプルが入ると（入れると）遅れて（バンドが見えることになりますね。すなわち大きいサイズ側にバンドが見えますね。バカみたいな話で恐縮ですが。 TapeStationを使ったことがないので分かりませんが、たとえば、そういうことも考えられなくはないですね。

(無題) 削除/引用 No.10781-7 - 2022/09/16 (金) 17:50:25 - abc ご返信ありがとうございます。 解像度を下げる、ですね。 申し訳ありません。 サンプルはPCR産物になります。 もし仮に300bpのバンドがプライマーダイマーで、800bp付近がメインバンドの場合、泳動機器を変える事で、バンドがなくなったり現れたりするのでしょうか？ 薄いと言っても、300bpに比べての話であり、はっきりと目視で確認できるレベルの強さがあります。(強度としては、1/3くらいです)これが、アガロースやラボチップだとどんなに解像度を下げても見えないのです。 もちろんその場合、300bpの方は非常に強く確認できます。 可能性としては、tapestationのカートリッジの汚れくらいでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.10781-6 - 2022/09/16 (金) 09:18:05 - G25 メーカーが原理的な情報を明示していないのでよくわからないが、 おそらくTapeStationで検出された800 bpはなんらかのArtifactだと見た。

(無題) 削除/引用 No.10781-5 - 2022/09/16 (金) 02:06:36 - おお ん、それかコントラストなどをいじってるのかな。

(無題) 削除/引用 No.10781-4 - 2022/09/16 (金) 02:04:23 - おお >(Labchipでかなり解像度を上げてみても、まったくピークがない状態) たぶん言葉の問題だけでやっていることは問題がないのだと思いますが、感度を上げたいときは解像度を下げます。蛍光顕微鏡などでビニングというのと同じです。

(無題) 削除/引用 No.10781-3 - 2022/09/16 (金) 00:37:51 - おお ＞800bp付近のバンドを伸ばすために、 一度増幅したものを再増幅したということですよね。一回目のPCRをチューブ１０本ぐらいでやって集めてしまったほうが確実かもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.10781-2 - 2022/09/16 (金) 00:32:35 - おお >[Re:1] abcさんは書きました : > �@TapeStationによる泳動・・・300bp付近に強いバンド＆800bp付近に薄いバンド > �Aアガロースゲルによる泳動・・・300bp付近に強いバンド > �BLabchipによる泳動・・・300bp付近に強いバンド > > �@〜�Bはすべて同じサンプルで、�Aと�Bに関しては、800bp付近には全くバンドが確認できませんでした。(Labchipでかなり解像度を上げてみても、まったくピークがない状態) 単純に検出感度の違いでしょう。300bp付近のバンドが同じようなパターンではないですか？ プライマーがたまたま副産物を生じやすい配列になっているのではないですか？だから300bp付近のバンドがどうしてもドミナントになってまう。

電気泳動のバンドパターンの変化について 削除/引用 No.10781-1 - 2022/09/15 (木) 18:46:23 - abc もしご存じの方いればご教授いただきたいと思います。 PCRプロダクトを電気泳動してサイズを確認する際に、使用する泳動装置が異なった場合、得られるバンドパターンが異なることはあり得るでしょうか？ 使用した泳動装置ならびに得られたサイズは下記の�@〜�Bになります。 �@TapeStationによる泳動・・・300bp付近に強いバンド＆800bp付近に薄いバンド �Aアガロースゲルによる泳動・・・300bp付近に強いバンド �BLabchipによる泳動・・・300bp付近に強いバンド �@〜�Bはすべて同じサンプルで、�Aと�Bに関しては、800bp付近には全くバンドが確認できませんでした。(Labchipでかなり解像度を上げてみても、まったくピークがない状態) 試しに、800bp付近のバンドを伸ばすために、アガロースゲルから700-1000bp間の領域を切り出して、そのテンプレートからPCRをしましたが、300bpのバンドが伸長されてしまいました(おそらく、強い300bpバンドがわずかにスメア状になっているので、わずかに拾ってしまったのだと考えられます) 考えられる可能性についてわかる方いればお教えていただけるとありがたいです。 よろしくお願いします。

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