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(無題) 削除/引用 No.1078-6 - 2012/10/30 (火) 19:01:46 - KEN 連続投稿ですが、 http://www.clcbio.co.jp/index.php?id=66 でCLC main workbenchの体験版が使えます。 たしか1ヶ月程度の制限付きですが。。。 実験が終わって、あとは、アセンブリだけならば、これを使っても良いかと思います。

(無題) 削除/引用 No.1078-5 - 2012/10/30 (火) 18:55:03 - KEN あと、波形を見ることはアセンブリの作業で非常に重要です。 seqの配列が正確とは、言えません。波形が悪いのに、無理やりAとかTとか出力されているところのデータは信用なりません。 .seqやfastaの状態ではなく、ab1の拡張子の生データを使うほうが良いかと思います。

(無題) 削除/引用 No.1078-4 - 2012/10/30 (火) 18:50:03 - KEN マウスで扱える前提でお話を進めると、CLC mainworkbenchは数万しちゃうので、無償ならば、DNA Baser Sequence Assemblerですね。 ただ、無料版は1日に5回までしかアセンブリできませんが、素人でも扱えると思います。

(無題) 削除/引用 No.1078-3 - 2012/10/30 (火) 17:38:50 - もぐら KENさん 回答ありがとうございます！ >シークエンスのab1データをアセンブルしたいということでよろしいですか？ >GUIで使いやすいものをお示ししておきます。 >検体数が多く、CUIでもかまわないというならば、また書き込んで下さい。 今は.seq拡張子のものをGENETYXで開いて手作業です。 無償でできるほうがありがたいです。 プログラミングは全くわからないのですが、初心者でも扱えますか？

(無題) 削除/引用 No.1078-2 - 2012/10/30 (火) 17:13:45 - KEN シークエンスのab1データをアセンブルしたいということでよろしいですか？ GUIで使いやすいものをお示ししておきます。 検体数が多く、CUIでもかまわないというならば、また書き込んで下さい。 自分は、CLC main workbenchでやってしまっています。 一瞬で終わりますし、Reference配列との比較をしながらアセンブリできますので、非常に便利です。 業者のまわしもののような発言かもしれませんが、作業効率が全然違います。 他には、有償でしたら、日立のSEQUENCHERとか無償ならDNA Baser Sequence Assemblerとかいかがでしょうか？

シークエンスで読んだ配列の比較 削除/引用 No.1078-1 - 2012/10/30 (火) 16:49:00 - もぐら はじめまして。当方学生です。 数千bp程度の配列をシーケンサーで読む作業が完了し、 それらを今繋げているところです（各データが500bp程度） �@LALIGN SERVER（http://www.ch.embnet.org/software/LALIGN_form.html） で一致しない塩基を１つずつ比較で手直し ↓ �A前後の配列を繋げて重複部分をalignmentで手直し を繰り返しているのですが、このサイトですと 一度に2種類しか比較できず、 不一致な配列は表示を省かれてしまうこともあり非効率的に感じています。 また似たような作業の反復なのでどうしてもミスが増えます・・・ 経験者の方々、おすすめのサイトや効率良い方法などありましたら 教えて頂けるとありがたいです。

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