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(無題) 削除/引用 No.10770-6 - 2022/09/16 (金) 13:11:42 - 大学院生 皆様ご回答ありがとうございました。 勉強になりました。 Ct値の乖離があるようなら、 再実験を行うようにします。

(無題) 削除/引用 No.10770-5 - 2022/09/12 (月) 16:57:46 - egeria https://www.nature.com/articles/nprot.2006.236 このガイドラインのBox 1が参考になると思います。 "Perform reactions in duplicate (triplicate if Cts are >35). If the data from these differ by >0.5 Ct, the reactions should be repeated. If the reproducibility is consistently low, the assay should be re-optimized." 具体的な値は人や場合によって異なるでしょうが、Ct値の差の基準を0.5とするのは一般的と言っても差し支えないと思います。プライマーに問題があるとか発現量が極めて低いとかでなければ、私の感覚では95%程度が0.2以内におさまります。 他の方もおっしゃるように、基準の値が何であれ、その基準を満たさない場合は両方のデータを捨てて再度duplicateで解析すべきです。

(無題) 削除/引用 No.10770-4 - 2022/09/12 (月) 11:44:44 - 大学院生 ご回答ありがとうございます。 ＞technical replicate内で大きく差が出る場合 その大きな差の明確な基準はありますか？ 冒頭のCT値0.5というのは一般的ですか？ ご教示お願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.10770-3 - 2022/09/12 (月) 10:57:13 - seventh それはただの恣意的なデータ操作です。 その手法なら同じサンプルから有意差がでるような結果を出すことも可能でしょうね。 technical replicateの場合はすべてreplicateの平均をサンプルのデータとして扱うのが一般的だと思います。technical replicate内で大きく差が出る場合は実験系か手技に問題があるので解析以前の問題です。

(無題) 削除/引用 No.10770-2 - 2022/09/12 (月) 09:44:00 - AA >2つのCT値の差が0.5未満ならその2つの平均、 >0.5以上でブレが大きそうなら >2つのうち最終結果に都合のいい方のデータを >解析に回していました。 すごいですね。これを書いていて不自然さを感じられなかったでしょうか？ 同一サンプル由来で内容物の全く同じチューブを複数用意するのは、technical duplicate で、データが手技的なばらつきによるものではなく再現性があるかを見るためのものです。 これを置かないと、たまたまばらついただけのデータを変動として検出してしまいます。 つまりtechnical duplicate間でばらつきが出た場合は再現性が無いということになります。

RT-qPCRの解析方法 削除/引用 No.10770-1 - 2022/09/12 (月) 01:24:34 - 大学院生 お世話になります。 初歩的な質問ですみません。 RT-qPCRを行うとき、 Duplicateで行うよう当初教えてもらいました。 2つのCT値の差が0.5未満ならその2つの平均、 0.5以上でブレが大きそうなら 2つのうち最終結果に都合のいい方のデータを 解析に回していました。 何か明確な基準はあるのでしょうか。 それか、Singleでやって 数値がどうであれ、それを解析するほうが 理にかなっているでしょうか。 ご教示お願いします。

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