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培養細胞の使い分け トピック削除
No.10757-TOPIC - 2022/09/06 (火) 12:18:40 - EDC
ある遺伝子変異の解析をリンパ球系の細胞で実験をしています。

その遺伝子変異が導入されることで結合タンパク質が変わるのではないかと想定して、実験を計画しています。

上司から、LC-msms解析に関しては、リンパ球系は扱いづらいから、HEK293等の接着細胞で実験をしたらいいのではないかと提案をうけました。

かなりの違和感がありますが、リンパ球系は扱いづらいというのもまた事実です。
全く系統の異なるcell lineを使うことは定石で、正しいのでしょうか?
 
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No.10757-3 - 2022/09/08 (木) 14:20:59 - おお
文献を色々読むといいです。違う組織が研究対象でもHEKなど使われます。もっと極端なこと言うとMAPKカスケードを潰した酵母に人の遺伝子ライブラリーを導入してレスキューするとか、それで得られた遺伝子が細胞分化に関与しているという話だったり。

もちろん、従来の組織の細胞でやればその組織特異的なものが釣れるかもしれないし、かと言ってHEKにも細胞の活動のためのシグナルを伝えるタンパクは揃っているとふわっとした説明をすれば否定できるものでもないし。

もしリンパ球系細胞株を使うのなら安定導入株かTet 誘導性安定導入株を作ればいくらかやりやすいとおもいますが。浮遊系だったらスケールアップもしやすいだろうし。

(無題) 削除/引用
No.10757-2 - 2022/09/06 (火) 15:49:03 - asan


それはあなたのみたいタンパク質の何を評価するかによって変わるので一概に言えません。


例えばT細胞シグナルが重要なコンテクストで結合を議論するなら、T細胞シグナルが効果的な細胞種でやらないとうまくいかない可能性が高いでしょうし、T細胞シグナルと言っても末梢血からのT細胞なのか胸腺細胞なのか、ナイーブT細胞なのか色々考え方はあります。

一方で、単なるAとBタンパク質の相互作用を過剰発現した細胞内のコンテクストで評価するだけなら293T細胞などでやってしまって問題ない可能性が高いわけだし、中途半端に特殊な細胞を用いてやっても技術的なハンドリングが大変でかえって結論が中途半端になる可能性もあります。


ただ、ハンドリングしやすいから293細胞でやるべきか、ではなくて、あなたの前提としているものを踏まえて必要十分な検証ができるならわざわざ複雑な方向から始めるより出来るだけ材料はシンプルな設定のほうがよいという一般論にすぎません。

培養細胞の使い分け 削除/引用
No.10757-1 - 2022/09/06 (火) 12:18:40 - EDC
ある遺伝子変異の解析をリンパ球系の細胞で実験をしています。

その遺伝子変異が導入されることで結合タンパク質が変わるのではないかと想定して、実験を計画しています。

上司から、LC-msms解析に関しては、リンパ球系は扱いづらいから、HEK293等の接着細胞で実験をしたらいいのではないかと提案をうけました。

かなりの違和感がありますが、リンパ球系は扱いづらいというのもまた事実です。
全く系統の異なるcell lineを使うことは定石で、正しいのでしょうか?

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