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Hisタグ融合GFPの精製 トピック削除
No.10748-TOPIC - 2022/09/04 (日) 16:23:25 - 国際信州学院大学の一学生
Hisタグ融合GFPの精製プロトコルに関してなるべく詳細に伺いたいです。
大まかな流れとしては、
@ GFPクローニングpETプラスミドをBL21(DE3)に形質転換し、前培養の後、本培養を行い、発現誘導。
A 菌体を回収して、超音波破砕。
B ポリエチレンイミン処理
C 硫酸アンモニウム沈澱
D アフィニティークロマトグラフィー
です。各項目について、使用するバッファーの組成、量、試薬の容量などを含めて詳細に教えていただけるとありがたいです。 
 
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(無題) 削除/引用
No.10748-7 - 2022/09/05 (月) 12:22:48 - 案マナー
右も左もわからない大学一年としての質問なのか
ネタとしてわかってる所でしか知られてない偽物大学の名で
こっちをからかっているのかわからない。

本当に1年生なら座学だろうから解答を見ればいい
細かく容量知っても実験をしないのなら意味がない。
3,4年生ならラボのプロトコールから改変していけばいい
未経験者で、ラボで前例がないから叩き台となる論文教えてほしい
ならわかる。

通常の方法でうまく精製できないならともかく
立ち上げから始めるなら
適当に”手順+プロトコール”で検索して
メーカーの出す手順例で十分なのでは
https://www.thermofisher.com/blog/learning-at-the-bench/protocols-of-protein-precipitation/

実験やってみても目的物が取れるかわからないから
遠心もしやすい50mL遠沈管に入るスケールで
菌体懸濁液の液の時点でPAGEなり確認して破砕条件の調節していって

Bufferは500でも1000mLでも潤沢に用意しておいて
精製段階ごとのフラクション&廃液とって
どの段階でロスってるか最終液に抽出されてるか
確認してから必要なだけスケールアップするなりすれば

(無題) 削除/引用
No.10748-6 - 2022/09/05 (月) 10:52:39 - おお
どうしても参考資料がいるなら、

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2624574/

硫安のアンモニウムイオンや、PEIはNIカラムとHIS TAGたんぱくの結合に阻害的なので、示した順番は少し気になる。現にこの文献は最初に持ってきている。

最後のカラムのステップをイオン交換にしている示しているものと同様の精製方法は好熱性ポリメラーゼ精製で使われているみたいだ。


PEIはよく混入する核酸除去につかわれているようだけど、目的のたんぱくが結合して沈殿する事もある朗でPEIを入れて沈殿したフラクションを回収するケースもあるようだ。なので最適な濃度などは扱うたんぱくごとに調べないといけないと思う。これは硫安沈殿のときも同様。

(無題) 削除/引用
No.10748-5 - 2022/09/05 (月) 05:22:46 - おお
>[Re:1] 国際信州学院大学の一学生さんは書きました :
> Hisタグ融合GFPの精製プロトコルに関してなるべく詳細に伺いたいです。
> 大まかな流れとしては、
> @ GFPクローニングpETプラスミドをBL21(DE3)に形質転換し、前培養の後、本培養を行い、発現誘導。
> A 菌体を回収して、超音波破砕。
> B ポリエチレンイミン処理
> C 硫酸アンモニウム沈澱
> D アフィニティークロマトグラフィー
> です。各項目について、使用するバッファーの組成、量、試薬の容量などを含めて詳細に教えていただけるとありがたいです。 
>

ぱっとその方法が湧いてきたわけではないですよね。そういう方法論があるからそういうデザインを組んだわけですよね。順序がぎゃくですね。まあ一人で組んだわけではないだろうからそれなりの事情があるのでしょうけど、調べることはできるはず。少なくともデザインした人などから聞けることもあるはずです。

そうやって調べないとプラクティカルにやろうとしたとき、必ずわからないことがでてきます。用事調製が必要な試薬、どのステップで日をまたぐのがよいか、と中経過のサンプルの保存の仕方、溶液を添加するとき少しずず加えていかないといけないステップがあるかどうかなど。

なので、ここでバッファーなどの情報だけ聞いてできるものではないです。逆にそういうのを聞いてくるということは、そういう方法論を把握してないので到底できるとは言えない。

また、菌体破砕用のバッファーなんて10種類ぐらいは簡単に挙げられる。ここで提示されてもあなたのプロトコールにあってないかもしれない。

細かいことをいうと、バッファーの必要量はスケールが決まらないと(必要量得るためにどれくらいの量培養しないといけないか)見積もれない。

(無題) 削除/引用
No.10748-4 - 2022/09/04 (日) 18:45:25 - 774R
では、なぜHisタグで精製できるのに、ポリエチレンイミン処理や硫安沈殿などのステップが必要なのか説明があればアドバイスする人のモチベーションも上がるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.10748-3 - 2022/09/04 (日) 18:40:18 - 国際信州学院大学の一学生
いいえ。

(無題) 削除/引用
No.10748-2 - 2022/09/04 (日) 18:26:28 - 774R
レポートのお手伝いですか?

Hisタグ融合GFPの精製 削除/引用
No.10748-1 - 2022/09/04 (日) 16:23:25 - 国際信州学院大学の一学生
Hisタグ融合GFPの精製プロトコルに関してなるべく詳細に伺いたいです。
大まかな流れとしては、
@ GFPクローニングpETプラスミドをBL21(DE3)に形質転換し、前培養の後、本培養を行い、発現誘導。
A 菌体を回収して、超音波破砕。
B ポリエチレンイミン処理
C 硫酸アンモニウム沈澱
D アフィニティークロマトグラフィー
です。各項目について、使用するバッファーの組成、量、試薬の容量などを含めて詳細に教えていただけるとありがたいです。 

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