Bio Technical フォーラム

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sgRNAネガコン配列の設計と検証方法 トピック削除
No.10731-TOPIC - 2022/08/27 (土) 01:40:41 - 田中
CRISPR interference のコンストラクト作製を行うためにsgRNA配列をデータベースから検索しました。ChopChopというサイトで標的のgRNA配列を探すことはできたのですが、ネガコンsgRNA配列をどうやってとればよいのか、例えばsgRNAと同一の塩基を用いてスクランブル配列を設計したとしてオフターゲットの懸念がないかを調べたりしたいのですが、配列を決定したりデータベースと照合したいときどうすればよいのかご存じの方いらっしゃいましたらアドバイスいただけたらと思います。
　
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(無題) 削除/引用
No.10731-3 - 2022/08/30 (火) 10:44:51 - 田中
mp様

ありがとうございます。下記のサイトですね。
https://www.addgene.org/crispr/reference/grna-sequence/

GGGenomeにaddgeneのネガコン配列を放り込んでみると確かにミスマッチが0の配列は出すことができますね。ここでひっかかってこない、あるいはあったとしてもPAM配列がなければよしとする、という感じで様子をみようと思います。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.10731-2 - 2022/08/27 (土) 12:14:20 - mp
AddgeneのValidated gRNA Sequence Datatableに Negative control配列がいくつか載ってます（ヒトとマウスですが）。配列の照合はGGGenomeを使えばいいと思います。

sgRNAネガコン配列の設計と検証方法 削除/引用
No.10731-1 - 2022/08/27 (土) 01:40:41 - 田中
CRISPR interference のコンストラクト作製を行うためにsgRNA配列をデータベースから検索しました。ChopChopというサイトで標的のgRNA配列を探すことはできたのですが、ネガコンsgRNA配列をどうやってとればよいのか、例えばsgRNAと同一の塩基を用いてスクランブル配列を設計したとしてオフターゲットの懸念がないかを調べたりしたいのですが、配列を決定したりデータベースと照合したいときどうすればよいのかご存じの方いらっしゃいましたらアドバイスいただけたらと思います。
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